Interesująca jest historia kościółka - kaplicy. Inicjatywa jego wzniesienia wypłynęła od Ludwiki Benni, której mąż Karol był cenionym lekarzem warszawskim. Państwo Benni, właściciele posesji i willi w Nałęczowie, będąc bezdzietni, oszczędności swe przekazywali na cele religijne. Po śmierci męża, podczas I wojny światowej Ludwika Benni zwróciła się pismem z dnia 20 lutego 1917 r. do Kurii Lubelskiej z propozycją wybudowania własnym kosztem i na własnej posesji kaplicy w stylu zakopiańskim przy zakładzie leczniczym w Nałęczowie. Administrator diecezji, ks. Zenon Kwiek propozycję przyjął. Przystąpiono do budowy wg wzoru znanego twórcy stylu zakopiańskiego - Stanisława Witkiewicza. Budowa trwała do czerwca 1919 r. Biskup lubelski Leon Fulman udzielił pozwolenia ks. Łuczyskiemu, administratorowi parafii Nałęczów, na poświęcenie kaplicy i odprawianie w niej Mszy św. Kaplica została oddana na własność parafii.
W ołtarzu umieszczony jest obraz św. Karola Boromeusza, biskupa Mediolanu, patrona chorych (kopia z kościoła na Powązkach Warszawskich). Ludwika Benni zbudowała kaplicę pw. św. Karola dla uczczenia pamięci swego męża - Karola. Opiekę nad kaplicą miała Elżbieta Czyżewska i rodzina Grochowiczów, która od Ludwiki Benni nabyła willę „Podgórze”. W latach 1962-65 dzięki ofiarności kuracjuszy i części parafian nałęczowskich został na kaplicy położony nowy dach, przeprowadzono konsekrację wewnątrz i na zewnątrz, dokonano ogrodzenia posesji.
23 grudnia 1997 r. abp Józef Życiński ustanowił kaplicę św. Karola Boromeusza kościołem rektoralnym parafii św. Jana Chrzciciela w Nałęczowie. Jego pierwszym rektorem został ks. kan. Emil Nazarowicz. Kaplica jest przeznaczona wg życzenia fundatorki dla kuracjuszy i wczasowiczów, zwłaszcza ludzi chorych, którzy przyjeżdżając do Nałęczowa po zdrowie fizyczne mogą tutaj też czerpać siły duchowe.
Tą piękną kaplicę, zbudowaną przez szlachetną ofiarodawczynię, poleca się opiece tych wszystkich, którzy wstępują do tego miejsca świętego. Msza św. jest sprawowana codziennie o godz. 16.30, a w niedziele o 7.00, 9.00 i 16.30. W czwartki odprawiane jest nabożeństwo po łacinie. A zawsze słowo Boże głosi niezwykły, natchniony ks. Nazarowicz. U nawiedzających kaplicę rodzi się nieodparta refleksja: dlaczego minęły czasy indywidualnych fundatorów domów Bożych?