Zmarł 28 marca 2016 r. w wieku 38 lat - charyzmatyczny duszpasterz, twórca Hospicjum św. o. Pio w Pucku, autor i współautor popularnych książek. Chorował na glejaka - nowotwór ośrodka układu nerwowego. Sam będąc chory, pokazywał, jak przeżywać chorobę i cierpienie - uczył pogody, humory i dystansu.

W ciągu dwóch lat wykryto u niego dwa nowotwory – najpierw nerki, którego udało się zaleczyć, a później glejaka mózgu czwartego stopnia. Po operacjach poddawany kolejnym chemioterapiom, nadal pracował na rzecz hospicjum i służy jego pacjentom. W BoskiejTV prowadził swój vlog „Smak Życia”.

Ks. Kaczkowski został odznaczony Krzyżem Kawalerskim Orderu Odrodzenia Polski, otrzymał tytuł honorowego obywatela Pucka. Wyróżniono go medalem „Curate Infirmos” przyznanym przez Papieską Radę ds. Duszpasterstwa Służby Zdrowia. W 2014 r. został laureatem (razem z Piotrem Żyłką) Nagrody Ślad im. Biskupa Jana Chrapka oraz nagrodę Pontifici, przyznawanej przez warszawski Klub Inteligencji Katolickiej.

Jego inicjatywa zaangażowanie w wolontariat hospicyjny tzw. trudnej młodzieży i osób skazanych została uznana za najbardziej innowacyjny projekt resocjalizacyjny w Europie i nagrodzona przez Radę Europy Kryształową Wagą Wymiaru Sprawiedliwości.

Ks. Jan Kaczkowski otrzymał nagrodę "Ślad" za "unikalny, lekki i przejmujący styl w jakim dotyka spraw najważniejszych; sensu choroby, śmierci, życia". Był doktorem teologii moralnej i bioetykiem, prezesem Puckiego Hospicjum pw. św. Ojca Pio.