Prześledzenie dziejów Kościoła w Polsce od czasu rozbiorów narzuca wniosek o najściślejszym powiązaniu naszej wolności narodowej i wolności Kościoła na ziemiach polskich. O. Benignus Józef Wanat OCD stwierdza w swej monografii dziejów Karmelitów Bosych w Polsce: " Zaborcy likwidowali klasztory jako ośrodki kultury, wiary i polskości, stojące na przeszkodzie ich celom politycznym". Zaborcy nie tylko likwidowali poszczególne klasztory, ale i całe prowincje zakonne, zmieniali siedziby władz duchownych i strukturę Kościoła. W tekście tym ograniczę się do paru przykładów.
W zaborze austriackim już po I rozbiorze, pod rządami cesarza Józefa II ofiarą jego reform padło wiele klasztorów, zamienionych na więzienia, szpitale powszechne, oddanych unitom lub nawet zburzonych. Cesarz ten (z nazwy "katolicki") nie respektował żadnej władzy kościelnej, zabronił zakonnikom wszelkich kontaktów ze Stolicą Apostolską.
Podobnie było w zaborze pruskim, państwie ewangelickim. Na Warmii po biskupie Ignacym Krasickim byli tylko biskupi niemieccy. W Poznaniu kasacie uległ wielki klasztor Karmelitów Bosych. Rząd pruski siłą zabrał budynki na cele wojskowe. Karmelici ulegli rozproszeniu. Znamiennym faktem była kasata Kamedułów na Wigrach i utworzenie w miejscu ich siedziby nowej diecezji, odizolowanej od wiernych.
Najciężej było w zaborze rosyjskim. Katarzyna II zainaugurowała ucisk Kościoła katolickiego na zabranych ziemiach polskich, zakazując kontaktów z Rzymem i przełożonymi zakonnymi za granicą. Ingerowała w samodzielność hierarchów, zmuszając ich do wierności Rosji.
Kilkuletnie wojny napoleońskie, kiedy różne wojska przewalały się przez kraj, spowodowały zniszczenia i dewastację obiektów kościelnych.
Upadek powstania listopadowego spowodował nowe prześladowania Kościoła na ziemiach polskich. W 1832 r. car Mikołaj I wydał dekret, nakazujący dalszą likwidację wielu domów zakonnych. Wyznaczono pewną liczbę klasztorów, inne określając jako ponadliczbowe. Te ostatnie ulegały stopniowej likwidacji. W 1842 r. dekretem cara dobra kościelne przeszły na skarb państwa rosyjskiego. W niektórych przypadkach władze oddawały zabudowania kościelne Żydom na rozbiórkę. Wiele kościołów przerabiano na unickie, a przede wszystkim na cerkwie prawosławne.
Najcięższa sytuacja w Królestwie nastała po upadku powstania styczniowego, kiedy nasiliło się przebudowywanie niektórych kościołów na cerkwie. Warszawie starano się nadać widok miasta rosyjskiego. Represje te były wynikiem masowego udziału duchowieństwa w powstaniu. Duchowni ginęli na polu bitwy lub na szubienicach. Wielu z nich przeszło do legendy. Kościół bowiem był wówczas jednym z najważniejszych reprezentantów polskości. Za to około stu księży zesłano na katorgę, a kilkuset na zesłanie, zwłaszcza do Tunki na Zabajkalu, gdzie utworzyli własną kolonię. Wielu duchownych emigrowało.
Wskutek likwidacji odrębności Królestwa Polskiego (1867 r.) Kościół został podporządkowany Kolegium Rzymsko-Duchownemu w Petersburgu, wskutek czego powstawały liczne konflikty między rządem carskim a Kościołem. Likwidowano niektóre diecezje lub pozostawiano nieobsadzone. Na Litwie i Białorusi przeprowadzono nawet kasatę części sieci kościołów parafialnych.
Jednym z przełomowych faktów dla sytuacji Kościoła była likwidacja Kościoła unickiego (1875 r.) i okrutne prześladowanie unitów.
W samym Królestwie prowadzono akcję kasaty klasztorów i zamknięcia nowicjatów.
Ostatecznie ze 197 pozostało jedynie 38. Do klasztorów nasyłano szpicli i prowokatorów, obniżono też próg wymagań wykształcenia w seminariach.
Symbolem dominacji caratu był Wielki Sobór na pl. Saskim ( dziś Piłsudskiego) w Warszawie, rozebrany w wolnej Polsce, którego olbrzymią dzwonnicę nazywano "wieżą ciśnień prawosławia".