Działania ordynariusza archidiecezji spotkały się z krytyką również w środowiskach katolickich. Jak podają ostatnie statystyki Centrum Badawczego Pew, ponad 60 proc. osób uważających się za katolików, popiera tzw. małżeństwa jednopłciowe. „Prawda nie jest determinowana opinią większości” – powiedział abp Thompson. „Kościół od 2 tys. lat naucza, że małżeństwo z natury jest zaplanowane przez Boga jako związek jednej kobiety i jednego mężczyzny” – dodał hierarcha.

Medialnego impetu nabrała natomiast sprawa Laytona Payne-Elliotta, który po 13 latach pracy został zwolniony z katedralnego liceum. Pozwał on archidiecezję za dyskryminację i ingerencję w kontrakt nauczycielski. Z kolei jego partner, z którym wziął cywilny ślub, wbrew woli biskupa, zachował posadę nauczyciela w innej katolickiej szkole. Prowadzona przez jezuitów Brebeuf Preparatory School, według abp Thompsona, utraciła tym samym swój katolicki status. Władze szkoły uważają jednak taki stan rzeczy za nieuprawniony i zerwały formalną współpracę z archidiecezją.

Archidiecezja Indianapolis od dwóch lat wymaga, aby w kontraktach nauczycielskich znajdował się zapis, że osoby podejmujące pracę w placówce katolickiej są zobowiązane do zachowywania nauczania Kościoła. Na terenie archidiecezji jest prawie 70 szkół, w których w zakończonym niedawno roku szkolnym uczyło się 23 tys. uczniów. Sąd Najwyższy Stanów Zjednoczonych stwierdził, że organizacje religijne dla swoich nauczycieli, doradców zawodowych i innych pracowników, mają prawo definiować jakie postępowanie jest nieakaceptowalne i przeciwne temu, co mówi ich religia.