Nabożeństwo rozpoczęło się w ciszy. Ojciec Święty, ubrany w czerwony ornat i białą mitrę, procesjonalnie podszedł do ołtarza głównego i położył się twarzą do ziemi na znak adoracji Krzyża. Następnie z miejsca przewodniczenia, usytuowanego przy bocznym filarze nawy bazyliki, odczytał modlitwę rozpoczynającą Liturgię Słowa. W jej trakcie po łacinie odśpiewano opis męki i śmierci Jezusa Chrystusa z Ewangelii według św. Jana.

Zgodnie z tradycją homilię tego dnia wygłosił nie papież, lecz kaznodzieja Domu Papieskiego, którym jest o. Raniero Cantalamessa. Kaznodzieja odniósł się do zaplanowanego na ten rok zgromadzenia Synodu Biskupów poświęconego młodym. Podkreślił, że pod krzyżem stał św. Jan Apostoł, który poszedł za Jezusem, gdy był jeszcze młody. Zakochał się w Nim i poświęcił Mu swoje życie. Dlatego, zdaniem włoskiego kapucyna, najważniejsze jest to, aby pokazać dziś młodym, co Jezus może im dać, a nie tylko oczekiwać, co młodzi mogą wnieść do Kościoła i społeczeństwa.

Nawiązując do słów z Pierwszego Listu św. Jana kaznodzieja zaznaczył, że nie wolno poddawać się konformizmowi i dlatego trzeba iść pod prąd. „Szczególnym zadaniem wam powierzonym jest zachowanie miłości ludzkiej od tego tragicznego dryfowania w stronę, gdzie jest skończona: gdzie miłość nie jest już więcej darem z siebie, ale – często brutalnym i despotycznym – posiadaniem drugiego. Na krzyżu Bóg objawił się jako miłość, która się daje – agapé. Ale ona nie jest odłączona od miłości erotycznej – eros, miłości poszukującej, pragnącej i radosnej z bycia kochaną. Bóg w swej miłości nie ofiaruje nam tylko siebie, ale nas pragnie, w całej Biblii objawia się jako zakochany i zazdrosny młodzieniec” – powiedział o. Cantalamessa.

Na potwierdzenie tego kaznodzieja Domu Papieskiego odwołał się do słów z encykliki Benedykta XVI „Deus caritas est”: „W rzeczywistości eros i agapé – miłość wstępująca i miłość zstępująca – nie dają się nigdy całkowicie oddzielić jedna od drugiej. Wiara biblijna nie buduje jakiegoś świata równoległego, czy jakiegoś świata sprzecznego z istniejącym pierwotnie ludzkim zjawiskiem miłości, lecz akceptuje całego człowieka, interweniując w jego dążenie do miłości, aby je oczyścić, ukazując mu zarazem jej nowe wymiary”.

- Nie chodzi więc o to, aby odrzucić radość z kochania - kontynuował o. Cantalamessa - ale o umiejętność połączenia erosu z agapé, w pragnieniu drugiego i w zdolności ofiarowania się jemu, pamiętając, że większa radość jest w dawaniu, aniżeli w braniu.

W rozbudowanej Modlitwie Powszechnej proszono Boga w intencjach całego świata: za Kościół, papieża, wszystkie stany Kościoła, katechumenów, o jedność chrześcijan, za żydów, niewierzących w Chrystusa, niewierzących w Boga, rządzących państwami oraz za „strapionych i cierpiących”.

Kolejną częścią Liturgii Męki Pańskiej była adoracja krzyża. Papież Franciszek ucałował przyniesiony mu krucyfiks i na chwilę przywarł do niego czołem. Po przeniesieniu krucyfiksu przed ołtarz główny podchodzili do niego kolejno kardynałowie i biskupi uczestniczący w liturgii i całowali figurę Ukrzyżowanego. Następnie Ojciec Święty uniósł wysoko krucyfiks, aby mogli go przez chwilę adorować wszyscy zebrani.

Liturgię zakończyła Komunia święta. Konsekrowane hostie pochodziły ze Mszy św. Wieczerzy Pańskiej, odprawionej w Wielki Czwartek, gdyż w Wielki Piątek Kościół katolicki nie sprawuje Eucharystii.