Przemawiając w katedrze w Ratyzbonie kard. Müller wyraził uznanie dla pamiętnego „wykładu z Ratyzbony”, wygłoszonego przez papieża Benedykta XVI przed 10 laty, podczas jego wizyty w Niemczech 12 września 2006 roku. Był to – jak podkreślił – "dyskurs o profetycznej sile i prawdzie”.

Prefekt Kongregacji Nauki Wiary stwierdził cytując fragment pierwszej sury Koranu, że krzewienie wiary może następować tylko "w imię Boga, litościwego i miłosiernego”. Zwrócił uwagę, że ten kto zechce te słowa odnieść do siebie, nigdy nie będzie zdolny do dokonania zbrodni na człowieku.

Przemówienie, które we wrześniu 2006 roku papież Benedykt wygłosił na uniwersytecie w Ratyzbonie, miało charakter wykładu akademickiego. Na tym uniwersytecie Joseph Ratzinger, późniejszy papież Benedykt XVI, był profesorem do 1977 roku.

W swoim wykładzie papież zacytował dialog między bizantyjskim cesarzem Manuelem II Paleontologierm z perskim uczonym na temat chrześcijaństwa i islamu, prowadzony prawdopodobnie w 1391 roku w Ankarze. Benedykt XVI uwypuklił w swoim cytacie do relacje między wiarą i rozumem podkreślając, że w tym dialogu cesarz wyraził przekonanie, iż Bóg „nie ma upodobania w krwi". Ten, kto pragnie „przekonać rozsądną duszę” i przyciągnąć ją do wiary „potrzebuje zdolności dobrej mowy i właściwego myślenia, ale nie potrzebna mu przemoc i groźby, miał mówić cesarz Paleontolog".

Wielkie wzburzenie wywołał wówczas cytat przytoczony przez Benedykta XVI: „Wskaż mi, co nowego wniósł Mahomet; wtedy znajdziesz tylko to, co złe i nieludzkie, jak choćby to, że nakazał szerzyć mieczem wiarę, którą głosił". W konsekwencji w świecie muzułmańskim doszło do niepokojów, m.in. w Somalii została zamordowana zakonnica.

"Ta część zdania została wówczas wyrwana z kontekstu i ogłoszona skandaliczną” - powiedział kard. Müller. Przypomniał też, że 138 islamskich uczonych wystosowało też wtedy list otwarty do wszystkich chrześcijan z propozycję dialogu.

Papież senior w opublikowanej w tych dniach książce-wywiadzie “Ostatnie rozmowy” podkreślił, że sięgnął do dialogu Paleontologa z 1391 roku, gdyż interesował go dialog islamsko-chrześcijański. Cytowany cesarz był już “pod władaniem” muzułmanów, a mimo to wolno było mówić rzeczy, których dziś nie byłoby wolno powiedzieć” - zwrócił uwagę Benedykt XVI. Przyznał jednocześnie, że “niewłaściwie ocenił” znaczenie polityczne tej wypowiedzi, a nikt z jego otoczenia nie ostrzegł, jak często była ona przytaczana.

Po pierwszych oznakach irytacji i niezadowolenia jeszcze jesienią 2006 roku Benedykt XVI wielokrotnie prostował błędne wrażenie, jakoby w pełni akceptował kontrowersyjny cytat bizantyjskiego cesarza. "Ten cytat niestety został źle zrozumiany" - podkreślał i wzywał do dialogu między religiami, wiarą i rozumem. Opublikowany po pewnym czasie pełny tekst „wykładu z Ratyzbony” zawiera kolejne wyjaśnienia papieża w tej sprawie.