14 września 1963 r. kard. Stefan Wyszyński otrzymał imienne zaproszenie od papieża Pawła VI na drugą sesję Soboru, która miała rozpocząć się 29 września. Ksiądz Prymas pracował intensywnie, żeby załatwić wszystkie sprawy związane ze swoimi diecezjami: przeprowadzał wizytacje, prowadził prace kurialne. Podejmował też obowiązki związane z Kościołem w Polsce. Na uwagę zasługuje długa rozmowa, od śniadania do obiadu 16 września, z członkami klubu poselskiego "Znak". Po tym spotkaniu zapisał między innymi:

W tonacji wypowiedzi rozmówców zawsze przejawia się pewnego rodzaju antyklerykalizm, skłonność do mocniejszego oskarżania, niż obrony.

Ta krótka notatka jest świadectwem, że Prymas Tysiąclecia dostrzegał narastające różnice w wizji Kościoła pomiędzy nim a "Znakiem" . Niedługo potem nastąpiło wyraźne pogłębienie antykościelnej postawy tego środowiska.

Przygotowania do wyjazdu na sobór zakłócone zostały odmową wydania paszportów biskupom z Ziem Zachodnich. Była to dla Księdza Prymasa sytuacja tym boleśniejsza, że biskupi innych krajów rządzonych przez komunistów, między innymi Węgier i Czech, nie mieli najmniejszych trudności z otrzymaniem paszportów.

Nie był to jedyny problem, jaki miał kard. Stefan Wyszyński w obliczu drugiej sesji soborowej. Ksiądz Prymas mówił o nich 23 września do wiernych w warszawskiej katedrze św. Jana. Oprócz sprawy paszportów powiedział o swoich osobistych dylematach. Najpierw o tym, że głęboko zastanawiał się, czy w ogóle wyjechać do Rzymu:

Dobrze rozumiecie, najmilsze dzieci, że niełatwo mi jest odjeżdżać ze stolicy na kilka miesięcy, wtedy, gdy Kościół w Polsce, a więc i moje archidiecezje, są pełne cierpień, krzywd i niesprawiedliwości, zadawanych wam. Długo walczyłem ze sobą między obowiązkiem a stosownością. Myślałem nawet - może lepiej nie jechać na sobór? Zostanę z rodziną moją, z owczarnią przez Boga powierzoną, z kapłanami, którzy cierpią tyle prześladowań, chociaż prowadzą pracę błogosławioną ku pokojowi was wszystkich, narodu, ojczyzny i naszego życia wspólnego.

Potem zastanawiał się, co ma powiedzieć biskup Warszawy, gdy go będą pytać na soborze o Kościół w Polsce?:

Biskup polski na soborze znajduje się nieraz w sytuacji bardzo kłopotliwej. Pragnie mówić o ojczyźnie swojej jak najlepiej. Niedawno prasa tego od nas wprost żądała. Inni mówią i piszą - biskupi polscy milczą. Mogliby się przecież podzielić swoimi doświadczeniami z nowej rzeczywistości. Ale sami odpowiedzcie, jak tu się dzielić doświadczeniami, gdy mnie na przykład jakiś biskup murzyński, gdzieś z głębi Afryki, zapyta: "Ile też Kardynał ma w swojej archidiecezji szkół katolickich? Bo ja mam tysiąc". Co ja mu odpowiem? Bracie mam ich dwie, trzy. Co ja odpowiem? Muszę milczeć. Biskupi polscy są zaproszeni do komisji o świeckim apostolstwie i o akcji katolickiej. Powiedzą nam: "Spodziewamy się, że może powiecie, jak u was pracuje akcja katolicka?" - A co ja powiem? Akcja katolicka? My nawet bractw religijnych nie możemy prowadzić, ani sodalicji mariańskich. (...)

Kłopotliwa jest sytuacja biskupów polskich na soborze. Rozmyślam sobie, może lepiej w domu siedzieć, bo przynajmniej uniknę kłopotliwych pytań i tej straszliwej męki. Nie chcę źle mówić o ojczyźnie, o moim narodzie i państwie, którego jestem członkiem. Muszę więc milczeć. Ale nawet milczenie uznawane jest za krzywdzące, bo mówią, że nie chcemy prawdy odsłonić. Ale gdy ją odsłonimy, to mój Boże, sami wiecie, co się wtedy w prasie pisze.