Medytacja nie przychodzi spontanicznie. Powinna być ona zawsze poprzedzona solidnym przygotowaniem. Najpierw wewnętrzne wyciszenie: "Zanim wejdę w modlitwę, mam uspokoić swego ducha siedząc lub chodząc, jak uznam za lepsze, i rozważać dokąd się udaję i po co" - pisze św. Ignacy w książeczce Ćwiczeń Duchownych. Pomocne w dobrym odprawieniu medytacji będzie także wzbudzenie w sobie ducha dyspozycyjności i hojności, aby z osobistym zaangażowaniem powierzyć się Panu Bogu zgodnie z Jego wolą. Do przygotowania medytacji należy następnie kilkakrotna i uważna lektura tekstu Pisma Świętego, który będzie medytowany, oraz wprowadzenia przedstawionego przez dającego rekolekcje. W tej części przygotowania zaleca się robienie notatek, które mogą posłużyć podczas samej modlitwy. Można również w tym momencie skorzystać z obrazu dostosowanego do tematu medytacji, co pozwoli pobudzić wyobraźnię i uniknąć zbyt "intelektualnego" podejścia do modlitwy. Tuż przed medytacją warto jeszcze raz spojrzeć na tekst biblijny i zatrzymać się na fragmentach, które najbardziej przemawiają, zarówno pozytywnie (np. niosąc nadzieję i radość), jak i negatywnie (np. wywołując poczucie nudy lub irytację).
Medytację rozpoczyna modlitwa przygotowawcza zwyczajna, w której św. Ignacy zaleca "prosić Boga, Pana naszego, aby wszystkie moje zamiary, decyzje i czyny były skierowane w sposób czysty do służby i chwały Jego Boskiego Majestatu". Modlitwa ta nazywana jest fundamentem medytacji ignacjańskiej, uświadamia modlącemu się jego sytuację egzystencjalną wobec Stwórcy i pierwsze powołanie, "aby Boga, Pana naszego, chwalił, czcił i Jemu służył, a przez to zbawił duszę swoją".
Następnie należy ustalić miejsce, które w modlitwie będzie "oglądane okiem wyobraźni" oraz w tzw. wprowadzeniu drugim "prosić Boga, Pana naszego, o to, czego chcę i pragnę" stosownie do tematu medytacji. Jest to tzw. prośba o owoc medytacji, zgodna z wiarą, że bez działania Bożej łaski wszelkie wysiłki człowieka są próżne.
W przebiegu medytacji ignacjańskiej zaangażowane być powinny pamięć, rozum i wola modlącego się. Słuchamy prawdy Słowa Bożego, a nasza pamięć pozwala nam w świetle tej prawdy widzieć nasze życie. Często jest to moment trudny w medytacji, rodzący uczucia negatywne, co jest zjawiskiem prawidłowym i korzystnym, świadczy bowiem o tym, że "Słowo Boże dotyka w nas miejsc najbardziej zranionych i nieuporządkowanych". Zaangażowanie rozumu pozwoli na właściwe osądzenie tego, co dane nam było poznać o nas samych, a dzięki pracy woli otworzymy się na dialog z Bogiem, pozwolimy, by Bóg nas dotknął i pociągnął do swojej nieskończonej miłości. Dialog z Bogiem powinien przenikać całą medytację, ale w tzw. rozmowie końcowej w szczególnej bliskości staje się on intensywniejszy i pozwala na żarliwą odpowiedź naszego miłującego serca.
Po skończonym ćwiczeniu św. Ignacy zaleca kwadrans refleksji nad tym, jak medytacja powiodła się i chodzi tu przede wszystkim o spontaniczne odczucie sumienia a nie o intelektualną ocenę. Jeśli medytacja była według nas "dobra", należy podziękować Bogu, jeśli "nie wyszła", należy poszukać przyczyn niepowodzenia i wrazić żal wobec Pana Boga. Św. Ignacy nakazuje robić powtórzenia medytacji, i to nawet dwu- lub trzykrotnie.
Tak ściśle określona metoda medytacji nie stoi na przeszkodzie poszukiwaniom własnej formy tej modlitwy, przeciwnie jest powinnością każdego modlącego się, by w zgodzie z własnym doświadczeniem psychicznym i duchowym czynił medytację swoją modlitwą osobistą i autentyczną.