Również i Sejm zajął się wymianą listów. 14 stycznia 1966 r. zabrał tam głos sam Gomułka. W swoim oświadczeniu wykrętnie odpowiedział na stawiane przez prasę światową pytanie o przyczynę opóźnienia reakcji polskich władz: "To bardzo prosta sprawa - odparł - ani nasza partia, ani prasa, nie chciały i nie mogły zająć stanowiska wobec orędzia biskupów polskich nie znając odpowiedzi biskupów niemieckich, a przede wszystkim późniejszego komunikatu episkopatu ogłoszonego w Rzymie. Uznał, że biskupi w swoim liście "nie czynili koncesji granicznych, lecz tylko użyli bardzo nieszczęśliwych sformułowań". W innym wystąpieniu powiedział, że biskupi co prawda mają prawo zabierać głos w sprawach politycznych, ale "żądamy od nich, by prowadzili politykę lojalną wobec państwa (...) Jeśli kard. Wyszyński, abp Kominek czy też inni biskupi chcą zabierać głos w sprawach politycznych, nie zabraniamy im tego, ale wypowiedzi te muszą być zgodne z polityką prowadzoną przez PRL i Kościół nie powinien sprzeciwiać się państwu. Nie powinien też uważać, że sprawuje w narodzie rząd dusz".

Partyjna krytyka "Orędzia" towarzyszyła obchodom Millennium Chrztu Polski przez cały następny rok. W miejscach, gdzie odbywały się uroczystości kościelne, organizowano konkurencyjne imprezy pod hasłami "Nie przebaczamy" i "Precz ze zdrajcami ojczyzny". Biskupi z zagranicy, w tym również biskupi niemieccy, nie otrzymali wiz wjazdowych do Polski. Ostre represje dotknęły nawet samego Prymasa. Po raz pierwszy od 1956 r. kard. Wyszyński nie otrzymał paszportu i nie mógł uczestniczyć w otwarciu uroczystości milenijnych w Rzymie.

Biskupom zarzucano brak lojalności narodowej i obywatelskiej, a co za tym idzie - osłabienie zaufania społeczeństwa do episkopatu i do Kościoła w ogóle. Mówiono, że biskupi bezprawnie mieszają się do polityki zagranicznej PRL, nie informując o tym wcześniej rządu. Oskarżano ich nawet o poddawanie pod dyskusję granicy na Odrze i Nysie.

Reakcja Kościoła

Kiedy 11 grudnia kard. Stefan Wyszyński wrócił z Rzymu, na dworcu w Warszawie powitały go rozentuzjazmowane tłumy. 12 grudnia w homilii wygłoszonej do tłumów zebranych w warszawskiej katedrze Prymas mówił: "Nie przynieśliśmy ujmy krajowi. Jeśli słyszycie co innego, traktujcie to jak bajki".

Gdy jednak okazało się, że antykościelna kampania władz zdecydowanie przybiera na sile Episkopat na posiedzeniu w dniach 12-14 grudnia zdecydował się na oficjalne zajęcie stanowiska. W komunikacie odczytanym we wszystkich kościołach, biskupi podkreślali, że ich Orędzie stanowiło jedno z kilkudziesięciu zaproszeń skierowanych do episkopatów innych krajów do udziału w uroczystościach milenijnych i "nie ma charakteru dokumentu politycznego".

Pisali, że "wbrew często sugerowanym opiniom orędzie polskiego Episkopatu reprezentuje jasno wyrażone stanowisko, że zachodnia granica Polski jest trwała, czemu Episkopat dawał wielokrotnie wyraz w licznych deklaracjach i oświadczeniach (...) List - pisali biskupi - mówi o wyrządzonych Polsce podczas II wojny światowej cierpieniach i dążeniu do biologicznej zagłady narodu polskiego. Jest on wyrazem aktualnych dążeń całego świata, Stolicy Apostolskiej, ONZ i prawie wszystkich krajów do pokoju i pojednania, a ponadto odpowiada duchowi Ewangelii i soboru".

Aspekt teologiczny orędzia przedstawił abp Karol Wojtyła w homilii, wygłoszonej na Boże Narodzenie w krakowskim kościele św. Szczepana. Tekst tej homilii doczekał się publikacji dopiero w 20 lat później. Głównym jej tematem było pojednanie. Najpierw abp. Wojtyła omówił różnicę między przebaczeniem i zapomnieniem. Chrześcijaństwo nazwał "religią przebaczenia". Wyliczenie win niemieckich w "Orędziu" porównał z pytaniami zadawanymi penitentowi przez kapłana w konfesjonale. "W naszym liście na 1000-lecie Chrztu Polski - mówił - jakby zasiedliśmy w konfesjonale. Kiedy ksiądz siada w konfesjonale, wie, że jest przedstawicielem Chrystusa. Jeśli powiedzieliśmy o winie narodu niemieckiego, to tak, jakbyśmy chcieli ułatwić wam wasze wyznanie". Wojtyła wielokrotnie apelował do wiernych, by zechcieli to przemyśleć w duchu Chrystusowym, a nie "na podstawie informacji i wybranych przez prasę cytatów".