Na życie Karola Wojtyły nie można patrzyć inaczej, jak przez pryzmat historii XX wieku. Czasu dwóch wojen światowych i ścierania się dwóch największych totalitaryzmów. Wojtyła poznaje to wszystko z bardzo bliska, należy przecież do pokolenia Kolumbów. Jest świadkiem i uczestnikiem ponadpółwiecznej walki o wolną Polskę. Wojna zastaje młodego studenta Karola w Krakowie. Jest on blisko związany zarówno z Uniwersytetem Jagiellońskim, jak i z katedrą na Wawelu. Wkrótce po wkroczeniu Niemców miejsca te zajmuje generalny gubernator ziem polskich Hans Frank. To wydarzenie ma dla Polaków znaczenie szczególne. Staje się jasne, że naziści dążą do ich całkowitej zagłady. Akademia Krakowska, a także dawna siedziba królów to dla naszego narodu symbole. Ostoje wolności, świetności, centra intelektualne i kulturalne. Księża, profesorowie UJ, studenci, a wśród nich Karol, zdają sobie sprawę z zamiarów okupantów. Dlatego decydują się podjąć walkę o słowo, a ich bronią staje się teatr. Zdolny aktor i poeta Wojtyła aktywnie angażuje się w jego prace. W ten sposób udowadnia sobie i innym, że dopóki żyć będzie kultura, Polska nie zginie i nawet największe armie nie będą w stanie jej pokonać. Już wtedy, mimo wielu przeciwieństw losu, jest w przyszłym Papieżu ufność, wiara w człowieka, w miłość. Nie załamuje się, kiedy umiera mu ojciec, kiedy rozstrzeliwują jego przyjaciela - ks. Zalewskiego, kiedy jego rówieśnicy giną w czasie okupacji. On wciąż walczy, słowem i czynem. Podejmuje ciężką pracę w kamieniołomach, wstępuje do tajnego Seminarium Duchownego w Krakowie. Na księdza zostaje wyświęcony w 1946 r., a więc w okresie stalinizmu w Polsce. Autorzy filmu dotykają kolejnego istotnego w komunistycznej Polsce problemu - prześladowania duchownych. W tym celu władze PRL-u utworzyły specjalny V departament przy Ministerstwie Bezpieczeństwa, który miał ich kontrolować. Komuniści szybko odkrywają, że inteligentny, mający świetny kontakt z młodzieżą „Wujek” stanowi dla nich poważne zagrożenie. Starają się go podejść, znaleźć na niego jakiegoś „haka”. Ks. Wojtyła, wykładowca na Katolickim Uniwersytecie Lubelskim, a później biskup krakowski, pozostaje nieugięty. Przymuje postawę bezkompromisową, ale jednocześnie potrafi rozmawiać z władzą. Jego ogromny wpływ na studentów, dobrotliwy uśmiech i radość, jaką daje mu praca, wprawiają esbeków w złość, ale są bezsilni. W zderzeniu z jego pobożnością nie mają szans. Jakże czytelna jest scena, gdy śledzący go esbek przyznaje się do winy, prosząc o wybaczenie, albo gdy Biskupowi Karolowi udaje się uzykać zgodę na przyznanie budynku seminarzystom. Kiedy trzeba, potępia działania władz, jak podczas wydarzeń z poznańskiego Czerwca ’56, sprzeciwia się im, gdy nie chcą się zgodzić na budowę kościoła w Nowej Hucie. Staje wtedy na czele marszu, wychodzi naprzeciw policjantów i jego upór, i odwaga zostają docenione. Wojtyła zawsze jest blisko ludzi, szczególnie młodych. Namawia ich do demonstrowania swojej niezależności, wolności. Nakazuje jednak, by czynili to pokojowo. Nigdy nie występuje publicznie z krytyką panującego wówczas systemu komunistycznego. I to jest największą bolączką władz. Widzą jego ogromny autorytet i nie mogą nic zrobić. Podejmują nawet próby skłócenia go z kard. Wyszyńskim, ale, oczywiście, to się nie udaje. Karol jest w pełni posłuszny głowie Kościoła katolickiego w Polsce. Jego otwarte wystąpienia podczas Soboru Watykańskiego II zyskują uznanie wśród innych biskupów. Znamienna jest scena podczas konklawe, gdy kard. Wyszyński prosi kard. Wojtyłę, by nie odmawiał, jeśli wybiorą go na papieża. Później Jan Paweł II składa hołd Prymasowi Tysiąclecia.
Tło historyczne w filmie Karol... jest stale obecne. Losy Polski przeplatają się z życiem Karola Wojtyły. Wiara w Boga i miłość do ojczyzny dają Papieżowi taką siłę i mądrość, że występując przeciwko złu, tkwiącemu w nazizmie i komunizmie, buduje trwałe dobro. Jego słowa: „Niech zstąpi Duch Twój i odnowi oblicze ziemi, tej ziemi” odbijają się szerokim echem w całej Polsce i stają się jedną z głównych przyczyn upadku systemu totalitarnego w Polsce.