Za bezprecedensowy fakt ludobójstwa należy uznać zbrodniczą decyzję władz sowieckich przedstawioną Stalinowi przez komisarza spraw wewnętrznych ZSRR Ławrientija Berię, a podjętą uchwałą Biura Politycznego Komitetu Centralnego Wszechzwiązkowej Komunistycznej Partii (bolszewików), w skrócie KC WKP(b) w dniu 5 marca 1940 r. o rozstrzelaniu polskich oficerów - jeńców wojennych więzionych w tzw. obozach specjalnych NKWD w liczbie 14736 osób oraz Polaków osadzonych w więzieniach zachodnich obwodów Ukrainy i Białorusi w liczbie 10685 osób.
Ten fenomen zła dokonany na polskiej inteligencji był antypolskim kompleksem Stalina za 1920 r., tym bardziej, że w opinii Biura Politycznego WKP(b) polscy oficerowie byli „zakamieniałymi wrogami ZSRR”. Zagłada polskich oficerów miała przekonać III Rzeszę, że ZSRR nie ma zamiaru wykorzystać II Rzeczypospolitej Polskiej w ewentualnych działaniach przeciwko Niemcom.
Nieobca zdaje się być też teza o koordynacji zbrodni katyńskiej z podobną akcją przeprowadzoną w tym okresie przez Niemców w Generalnej Guberni, w wyniku której aresztowano i zesłano do obozów tysiące polskich obywateli, m.in. 183 profesorów i docentów w Krakowie oraz aresztowano 25 profesorów we Lwowie, których następnie rozstrzelano na Wzgórzach Wuleckich. Potwierdzają to też trzy konferencje NKWD i gestapo, dotyczące nie tylko zwalczania polskiej konspiracji, ale także współpracy w planowaniu zagłady narodu polskiego.
Pierwsza konferencja, dotycząca współpracy niemieckich i sowieckich służb bezpieczeństwa, miała miejsce 27 września 1939 r. w Brześciu n. Bugiem. Poświęcona była działalności obydwu służb specjalnych w zwalczaniu polskiego oporu i dywersji. Druga konferencja odbyła się w końcu listopada 1939 r. w Przemyślu, a dotyczyła wymiany jeńców i przemieszczeń ludności. Jednak najstraszniejszą w skutkach była III Metodyczna Konferencja NKWD i gestapo, która miała miejsce 20 lutego 1940 r. w Zakopanem. Delegacji niemieckiej przewodniczył wtedy Adolf Eichmann, a delegacji sowieckiej - Grigorij Litwinow z Eichmansem, twórcą systemu zabijania w tył głowy. Ustalenia konferencji w Zakopanem miały bardzo poważny wpływ na metody zbrodni popełnionej na narodzie polskim.
Nie ulega wątpliwości, że u podstaw decyzji Biura Politycznego z 5 marca 1940 r., podpisanej na wniosek Ł. Berii przez J. Stalina, K. Woroszyłowa, W. Mołotowa, A. Mikojana oraz M. Kalinina i Ł. Kaganowicza, był układ Ribbentrop-Mołotow z 23 sierpnia 1939 r., a następnie Traktat o przyjaźni i granicy miedzy ZSRR i Niemcami z 28 września 1939 r., który ustalał strefy wpływów i wytyczał granice, a tym samym sankcjonował IV rozbiór Polski. Na podstawie dodatkowego protokołu dołączonego do tego traktatu oba rządy zobowiązały się do zniszczenia podstaw państwowości polskiej. I tu tkwi główna przyczyna likwidacji polskiej kadry oficerskiej. Więźniowie Kozielska, Starobielska i Ostaszkowa stanowili wojskową, intelektualną elitę kraju, która była całkowicie zdecydowana przystąpić do walki o przywrócenie niepodległości swojej ojczyźnie. Dlatego Beria już 19 września 1939 r. wydał rozkaz o ustanowieniu Zarządu do Spraw Jeńców Wojennych NKWD oraz o wyselekcjonowaniu polskich oficerów z ogólnej masy zatrzymanych w liczbie ok. 230 tys. polskich jeńców. Dalsze szczegółowe dyspozycje co do gromadzenia i rozdziału jeńców zawierało pismo okólne szefa Zarządu - P. K. Soprunienki z 1 października 1939 r. oraz rozkaz Berii z 3 października 1939 r. o powstaniu trzech obozów o specjalnym znaczeniu: Starobielsk, Kozielsk i Ostaszków. Do tych obozów w końcu grudnia 1939 r. polecił Beria skierować ekipy oficerów śledczych NKWD. Wyniki śledztwa miały być przekazane do rozpatrzenia przez tzw. specjalne kolegium NKWD i stanowić podstawę decyzji do dalszego postępowania z jeńcami. Swoje prace ekipy śledcze zakończyły na przełomie lutego i marca 1940 r.
Los jeńców obozu w Ostaszkowie, który mieścił się w pomieszczeniach dawnego klasztoru prawosławnego na wyspie Stołbny na jeziorze Seliger (16 marca 1940 r. znajdowało się tam 6360 jeńców, w tym 6013 Polaków), przesądzony został już w styczniu 1940 r. Natomiast w następnych tygodniach przesądzono o losie jeńców obozu w Kozielsku, który usytuowany był ok. 250 km na południowy wschód od Smoleńska i umieszczony na terenie klasztoru Pustelnia Optyńska (1 kwietnia 1940 r. w obozie tym było 4599 jeńców), a także o istnieniu obozu w Starobielsku na Ukrainie, znajdującego się koło Charkowa, który, jak poprzednie dwa, został umieszczony w zabudowaniach dawnego seminarium prawosławnego (1 kwietnia 1940 r. obóz liczył 3893 osoby).
Według informacji szefa Wydziału NKWD do Spraw Jeńców Wojennych P. K. Soprunienki z 28 lutego 1940 r., oficerów w Kozielsku i Starobielsku było: 8175 Polaków, 160 Żydów, 23 Białorusinów, 12 Niemców, 9 Litwinów oraz Bułgar, Czech, Gruzin, Łotysz i Węgier.
Po decyzji Biura Politycznego KC WKP(b) z 5 marca 1940 r. rozpoczęły się intensywne przygotowania do akcji „rozładowania” obozów specjalnych, którym towarzyszyły narady funkcjonariuszy centralnego aparatu NKWD z kierownikami zarządów obwodowych NKWD z Charkowa, Kalinina i Smoleńska oraz z komendantami trzech obozów. Rozkaz wydany o przystąpieniu do operacji wymordowania miał miejsce pod koniec marca 1940 r.
Pierwsze „listy śmierci” podpisał Soprunienko 1 kwietnia 1940 r. i objęły one jeńców obozu ostaszkowskiego. Likwidacja jeńców z Ostaszkowa rozpoczęła się 4 kwietnia 1940 r. Byli oni odwożeni ze stacji kolejowej Soroga do Kalinina (dawny Twer), gdzie wykonywano egzekucje w piwnicach siedziby NKWD, a następnie wywożono zwłoki samochodami do lasu w pobliżu miejscowości Miednoje. Ogółem stracono tam 6287 osób. Jeńców wojennych ze Starobielska, których likwidacja rozpoczęła się 5 kwietnia 1940 r., przewożono koleją do Charkowa i tam w piwnicach budynku NKWD wykonywano egzekucje, a zwłoki wywożono na teren VI Kwartału Leśnego Parku pod tym miastem. Ogółem zginęło 3896 osoby (15 grobów). Z kolei oficerów-jeńców z Kozielska przewożono na tamtejszy dworzec kolejowy i następnie koleją do stacji Gniezdowo. Stamtąd więziennymi autobusami zawożono ich do lasu katyńskiego, gdzie wykonywano egzekucje nad wykopanymi grobami. Pierwszy transport wyjechał z Kozielska 3 kwietnia 1940 r., a ogółem rozstrzelano tam 4004 osoby (8 grobów). Ze wszystkich trzech obozów ocalało 395 osób (niekiedy podaje się 449), które przewieziono do obozu w Pawliszczew Bór koło Kaługi, a później do Griazowca nad Wołgą.
Prawie równocześnie, bo tuż po 20 kwietnia 1940 r., rozpoczęto rozstrzeliwanie osób znajdujących się w więzieniach NKWD, gdzie zginęły 7303 osoby. Na podstawie więc decyzji Biura Politycznego KC WKP(b) z 5 marca 1940 r. rozstrzelano ogółem 21857 polskich jeńców wojennych i więźniów.
Odkrycia grobów więźniów z Kozielska w lasku katyńskim dokonali Niemcy w 1943 r. Oni też powołali specjalną komisję pod przewodnictwem prof. Gerharda Butza. Na ujawnienie jednak miejsc pochówku Polaków przetrzymywanych w Ostaszkowie i Starobielsku przyszło czekać przeszło 50 lat. Nadal nie są znane miejsca pochówku ponad 7 tys. polskich więźniów rozstrzelanych na Ukrainie i Białorusi.
Dopiero 13 kwietnia 1990 r. władze Związku Sowieckiego w komunikacie agencji TASS przyznały się, że mordu katyńskiego dokonało NKWD na zlecenie najwyższych władz partii i rządu sowieckiego wiosną 1940 r. Dwa lata później przekazano Polsce 17 tomów akt związanych ze zbrodnią katyńską. Od 1991 r. trwały prace ekshumacyjne na wszystkich trzech cmentarzach polskich jeńców zamordowanych przez Sowietów w 1940 r., uwieńczone odsłonięciem i poświęceniem pomników (kamienie węgielne poświęcił 24 grudnia 1994 r. Jan Paweł II) z udziałem najwyższych władz polskich. Nigdy jednak nie osądzono sprawców tzw. zbrodni katyńskiej.
Z tą zbrodnią wiąże się wiele przykładów tzw. perwersji prawnej, zapoczątkowanej już przez Sowietów, tzw. Komisją Nikołaja Budrenki z 1944 r. W jej składzie nie znalazł się nikt z bezstronnych obserwatorów, nie mówiąc już o Polakach. „Perwersji prawnej” dopuściły się również kraje zachodnie, sojusznicy Polski w czasie II wojny światowej. Nie ma wątpliwości, że Anglicy i Amerykanie posiadali już na początku lat 40. sprawdzone informacje na temat zbrodni popełnionej przez Sowietów. Przyjęli jednak stanowisko „wyciszenia sprawy”. Taką też postawę zaprezentowali w czasie procesu norymberskiego (1945-46).
Można powiedzieć, że po zakończeniu II wojny światowej, pomimo pewnych prób rehabilitacji swojej postawy, władze państw zachodnich nie były w stanie doprowadzić do osądzenia sprawców zbrodni katyńskiej. Podobnie jeśli chodzi o polskie śledztwo w sprawie zbrodni katyńskiej. Zostało ono wszczęte w 1993 r., a uchylono je już w 1995 r. Po nieudolnym prowadzeniu od początku lat 90. do 2004 r. tzw. śledztwa katyńskiego przez Federację Rosyjską, jako kontynuatorkę Związku Radzieckiego, ponoszącego moralną i prawną odpowiedzialność za tę zbrodnię, dopiero pod koniec 2004 r. polskie śledztwo wszczął Instytut Pamięci Narodowej. Jego celem jest nie tylko postawienie sprawców zbrodni przed sądem, jeśli jeszcze żyją, ale nade wszystko wszechstronne wyjaśnienie sprawy.