Urodził się w północnych Włoszech. Kiedy miał 9 lat, zmarła mu matka. Studia ukończył w 1559 r. na uniwersytecie w Pawii podwójnym doktoratem z prawa kościelnego i cywilnego. W tym samym roku papież Pius IV mianował go protonotariuszem apostolskim i referentem w Trybunale Sygnatury. Od tej pory zaczął odgrywać ważną rolę w Kurii Rzymskiej. W 1560 r. został mianowany kardynałem i administratorem archidiecezji mediolańskiej. Święcenia kapłańskie przyjął dopiero w roku 1563. Tego samego roku otrzymał sakrę biskupią. W archidiecezji mediolańskiej troszczył się o wprowadzenie reform Soboru Trydenckiego (1545-63), w którego obradach brał czynny udział. W celu wprowadzenie reform soborowych zwoływał synody diecezjalne i prowincjalne. Kierował listy do duchowieństwa, w których zachęcał do opieki nad biednymi. W roku1564 otworzył wyższe seminarium duchowne. W kilku zaś miastach swojej archidiecezji założył niższe seminaria. Przeprowadzał częste wizytacje kanoniczne parafii. Dbał o formację duchową ludzi świeckich, zakładając różnorodne bractwa. Wprowadził także regularną katechezę. Troszczył się w sposób szczególny o formację kapłańską, kult Eucharystii i kult maryjny. Św. Karol Boromeusz należy do czołowych postaci Kościoła katolickiego. Zostawił po sobie wiele pism, wśród których przeważają listy, instrukcje i zarządzenia.