Do miejsc uświęconych polską krwią - oprócz Katynia, Miednoje, Charkowa, Oświęcimia czy Majdanka - należą także Ponary, leżące ok. 10 km od Wilna. W Polsce i poza granicami kraju stosunkowo mało wiadomo o tym tragicznym cmentarzu ludności Kresów Wschodnich. Spoczywają tam m.in. byli polscy więźniowie wileńskich Łukiszek, którzy, zanim otrzymali wyrok śmierci, przechodzili ciężkie śledztwo, połączone z torturami.
Ponary do wybuchu II wojny były miejscem rekreacji dla mieszkańców Wilna. W wyniku sowieckiej napaści na Polskę 17 września 1939 r. Rosjanie zajęli Wileńszczyznę, a następnie oddali ją Litwinom, wiedząc jednocześnie, że wkrótce i tak wcielą ją w skład swojego imperium, co też nastąpiło 15 czerwca 1940 r. Zaraz po inkorporacji Litwy Rosjanie przystąpili do budowy w Ponarach bazy paliw płynnych dla samolotów. W tym celu wykopali siedem czy osiem wielkich dołów; trzy lub cztery o średnicy 32 m i głębokości ok. 4 m, pozostałe natomiast o średnicy 12 m i głębokości ok. 3 m.
Hitlerowskie Niemcy, po wypowiedzeniu wojny sowieckiej Rosji, dwa dni po zajęciu Wileńszczyzny (26 czerwca 1941 r.) przystąpiły do masowych mordów ludności Kresów Wschodnich. Do tego celu została wykorzystana dawna baza paliw płynnych, którą otoczyli drutem kolczastym i zaczęli zwozić więźniów osadzonych na Łukiszkach w Wilnie, w piwnicach gestapowskich przy ul. Ofiarnej oraz mieszkańców gett (w Wilnie były dwa getta, w których Niemcy zgromadzili ponad 70 tys. Żydów).
Pierwszej egzekucji dokonano w Ponarach już 4 lipca 1941 r., zginęło wówczas 54 Żydów. Największej jednak egzekucji dokonano na Żydach w Ponarach 2 września 1941 r., w ramach tzw. akcji specjalnej, która nastąpiła za rzekome strzelanie przez ludność żydowską do niemieckich żołnierzy. W tym dniu zamordowano aż 3,7 tys. Żydów. Należy zaznaczyć, że prowadzonych na egzekucję cechowała bierność. Bardzo rzadko zdarzały się próby ucieczki. Jedyny wypadek stawiania oporu miał miejsce 5 kwietnia 1943 r., kiedy to kilkuset skazanym, w tym wielu dzieciom, udało się zbiec w okoliczne lasy.
Mordy na Żydach, jak i na Polakach były poprzedzone torturami w kazamatach na Łukiszkach i w piwnicach gestapo przy ul. Ofiarnej. Skazanych przywożono do Ponar ciężarówkami, pociągiem lub pędzono pieszo. Rozstrzeliwano ich nad dołami albo już bezpośrednio w dołach. Zdarzało się, że więźniów maltretowano jeszcze nad dołem w celu wymuszenia zeznań po bezskutecznych obietnicach darowania życia. Zdarzały się też przypadki, że skazańców przywożono z Ponar do wileńskiego więzienia, by rzekomym uwolnieniem zachęcić do nowych zeznań.
W Ponarach odbywały się iście dantejskie sceny. Świadczą o tym m.in. zapiski naocznego świadka zdarzeń - Kazimierza Sakowicza, który miał możność obserwowania ich ze strychu swojego domu, stojącego w pobliżu kaźni. Zapisywał skrzętnie to, co widział. Notatki ukrywał w butelkach, które zakopywał w ogrodzie. Gdy znaleziono notatki, ich autor już nie żył. Zginął 5 lipca 1944 r. w walce o Wilno, w trakcie realizacji planu „Burza” (Dziennik Sakowicza przechowywany jest w Centralnym Archiwum Państwowym w Wilnie).
W ciągu trzech lat okupacji niemieckiej, od lipca 1941 r. do lipca 1944 r., wymordowano w Ponarach ok. 100 tys. ludzi, choć dokładna liczba zamordowanych nie jest do dziś dokładnie znana.
Egzekucji na Żydach, Cyganach, Polakach i komunistach litewskich dokonali Niemcy, ale ich pomocnikami byli żołnierze narodowości litewskiej z oddziału egzekucyjnego rekrutującego się spośród organizacji paramilitarnej pod nazwą Lietuvos Szauliu Sajunga (Związek Strzelców Litewskich) - stąd nazwa „szaulisi”. Sama organizacja litewska Lietuvos Szauliu Sajunga powstała na terenie Litwy już w 1919 r. i cechował ją szowinizm oraz bardzo silnie zaznaczony antysemityzm. W 1940 r. liczyła ona 62 tys. członków. Na tle 2,2-milionowej ludności Litwy była to więc organizacja liczebnie silna (należeli do niej przede wszystkim ludzie młodzi). Warto pamiętać, że do grup strzelców ponarskich należeli również żołnierze utworzonego w 1940 r. w Niemczech Frontu Litewskich Aktywistów, który prowadził dla Niemców służbę wywiadowczą. Organizatorem i komendantem tego znanego z niebywałych okrucieństw wileńskiego Sonderkommando, oficjalnie przydzielonego do gestapo, był Niemiec Martin Weiss, natomiast dowódcą podporucznik wojska litewskiego Balys Norwaisz.
Oddział dokonujący egzekucji w Ponarach - Ypatingas Buris zwany był potocznie „strzelcami ponarskimi”. Nosili oni zielone mundury Sicherheitsdienst. Składali także pisemne zobowiązanie o zachowaniu tajemnicy na temat działalności oddziału. W każdej egzekucji bezpośrednio brało udział ok. 80 szaulisów, a ok. 100 z nich pilnowało terenu bazy.
Egzekucje ponarskie cechowało wielkie okrucieństwo. Dokonujący ich szaulisi byli przeważnie pijani. Często strzelali niecelnie, a rannych najczęściej nie dobijali, tylko półżywych wrzucali do dołu. Niejednokrotnie specjalnie celowali w nogi lub brzuch ofiar. Skazańców niekiedy torturowano i maltretowano, i to nad samym dołem. Na oczach matek zabawiano się zabijaniem dzieci. Niemowlęta najczęściej wrzucano żywe do dołów. Egzekucji ponarskich nie można nazywać rozstrzeliwaniem, ale - jak pisze Józef Mackiewicz - była to raczej „rzeźnia ludzka”.
Celem zatarcia śladów, a zarazem opróżnienia wypełnionych już dołów z zamiarem dalszego ich użytkowania, w październiku 1943 r. przystąpiono do palenia zwłok. Zatrudniono wówczas 80-osobową grupę więźniów - jeńców sowieckich i Żydów, których zadaniem było wykopywanie i palenie zwłok. Układano je w olbrzymie stosy, z których każdy płonął 8-9 dni. Niespalone pozostałości kości rozcierano na proszek przy pomocy specjalnej maszyny. Prochy wywożono poza miejsce straceń lub rozsiewano na miejscu.
Po zakończeniu II wojny światowej spośród 108 strzelców ponarskich ujęto tylko 20. Dziesięciu z nich Kolegium Wojskowe Sądu Najwyższego ZSRR 29 stycznia 1945 r. skazało na karę śmierci. Kilka procesów, jeszcze w latach 70., toczyło się również w Polsce, gdzie oskarżonych o ludobójstwo w wileńskich Ponarach skazano na karę śmierci, zamienioną później na 25 lat więzienia.
O zdarzeniach, jakie miały miejsce ponad 60 lat temu na litewskiej ziemi, przypomina nam metalowy krzyż w Ponarach z tysiącami nazwisk Polaków, których prochy znajdują się w tym miejscu kaźni. Pamięć o wydarzeniach tamtych lat kultywuje „Rodzina Ponarska”. W Centralnym Archiwum Państwowym Litwy w Wilnie przechowywane są materiały zawierające wiele jeszcze niewyjaśnionych tajemnic. Nie ulega wątpliwości, że dokładna ich kwerenda może pozwolić na pełne odtworzenie akcji eksterminacyjnej ludności Kresów Wschodnich, w tym tysięcy Polaków, oraz może pomóc nam w wyjaśnieniu niektórych wątpliwości i ukazać pełną prawdę o jeszcze jednym z miejsc naszej Golgoty Wschodu. Ludobójstwo w Ponarach, dokonane w głównej mierze przez utworzoną przez Niemców tzw. brygadę, spotykało się zawsze ze strony Polaków z wielkim potępieniem. Niezrozumiały więc był udział wicekonsula polskiej ambasady 18 czerwca 2004 r. w Wilnie w uroczystości odsłonięcia w ponarskim lesie pomnika poświęconego brygadzie osławionej zwalczaniem antyniemieckiej partyzantki, w tym Armii Krajowej, oraz prześladowaniem polskiej ludności. Swoje oburzenie, oprócz sekretarza generalnego Rady Ochrony Pomników Walki i Męczeństwa Andrzeja Przewoźnika, wyraził polski poseł do parlamentu litewskiego Artur Płokszto, określając polską delegację ambasady w Wilnie, która złożyła kwiaty na odsłoniętym pomniku, jako „ponury żart”. Niezrozumiałe stają się też słowa polskiego ambasadora w Wilnie Jerzego Bahra, że chodziło o pojednanie kombatantów obydwu stron.