28 i 29 maja 1966 r. miejscem kolejnych uroczystości milenijnych był Gdańsk. Kard. Stefan Wyszyński udał się tam z Gniezna. Przez całą drogę "towarzyszyły" mu samochody z pracownikami Urzędu Bezpieczeństwa. Jak zwykle władze państwowe zadbały o to, by storpedować obchody Tysiąclecia Chrztu Polski. Tym razem obok tradycyjnych już metod wykorzystano osobę nieżyjącego bp. Carla Marii Spletta, byłego ordynariusza gdańskiego. Przy drodze od Pruszcza do Gdańska co kilometr umieszczono tablice jemu złorzeczące. Podobne postawiono w samym mieście. Gdańszczanie byli zbulwersowani takim posunięciem władz i próbowali te tablice niszczyć. Z tego powodu doszło do starć z milicją, która rozpędziła za pomocą gazów łzawiących protestujących w ten sposób przeciwko działaniom władzy.

Na ulice wyległy tłumy, by przywitać Obraz Jasnogórski i Księdza Prymasa. Było to wyjątkowe powitanie, o którym kierowca samochodu kard. Wyszyńskiego powiedział: Nigdzie dotąd nie było takiego powitania. Zdaniem Prymasa Tysiąclecia, na tak owacyjne przyjęcie wpływ miała prowokacja rządzącej partii.

Ksiądz Prymas wziął udział w nabożeństwie powitania w oliwskiej katedrze. Zaraz potem był w kościele pw. Najświętszego Serca Pana Jezusa we Wrzeszczu na nabożeństwie młodzieży akademickiej Wybrzeża. Podczas niego wygłosił do młodych ludzi godzinne kazanie. Mówił w nim m.in.:

Pamiętajmy, że mamy zobowiązania. Płyną on z chrztu, przez który jesteśmy włączeni do nadprzyrodzonej rodziny Chrystusowej, tak iż jesteśmy członkami jedni drugich, jesteśmy braćmi, wspólnotą. Mamy też wspaniałe dziedzictwo tradycji chrześcijańskiej. Studiując architekturę, sztukę, rzeźbę czy malarstwo, dobrze widzicie, jak potężny jest wkład chrześcijańskiej kultury narodu polskiego [...] .

Gdy oceniacie dziesięć wieków chrześcijaństwa, macie prawo myśleć o tym, że wiek XXI, a więc jedenasty chrześcijaństwa w Polsce, będzie bardziej bliski ducha Chrystusowego niż minione, i macie obowiązek tego pragnąć.

Nie można zatrzymywać młodzieży w biegu ku przyszłości, bo to jest samobójstwo narodu. Następnego dnia rano w przepełnionej katedrze oliwskiej Prymas Tysiąclecia odprawił Mszę św., a potem udał się Bazyliki Mariackiej, gdzie poprzedniego dnia przywieziono Obraz Czarnej Madonny. Tym razem jego kazanie było krótsze, bo jak sam zapisał: Biskup Nowicki, mocno zaziębiony, wita dość długą mową biskupów i gości [...]. Potężny chór śpiewa przydługie utwory.

Po uroczystościach udał się, nie bez przygód, do Bydgoszczy.

Najtrudniej - Ksiądz Prymas zapisał pod datą 29 maja - wydostać się później do samochodu. Trzeba było odbyć nie lada kampanię, by wydostać się z uścisków miłości ("caritas ugeret" - aż trzeszczą auta). Żadne kordony nic nie pomagają. Dość długo szedłem przed autem, a p. Stanisław deptał mi zderzakami po nogach. Trwało to pół godziny. Wreszcie wsiadłem do auta i udało nam się skręcić w boczną ulicę, którą wydostaliśmy się na trakt warszawski. Była to godzina 14.30. Już nie jechałem do Oliwy na obiad, bo nie zdążyłbym na uroczystości bydgoskie.

Po przyjeździe do miasta nad Brdą dowiedział się o zamieszkach, jakie w nim się rozegrały. Podobnie jak w Gdańsku złorzeczono bp. Splettowi. Atak na Kościół "uatrakcyjniono" jeszcze plakatami o zdrajcach biskupach. Mieszkańcy Bydgoszczy, zwłaszcza młodzież, zrywali te szkalujące afisze. Interweniowała milicja.

Głównym punktem bydgoskich uroczystości była koronacja obrazu Matki Bożej z Różą, Matki Pięknej Miłości, Pani Bydgoskiej w kościele farnym na Szwederowie. Mimo zimna znowu przybyły tłumy wiernych. Właśnie owo zimno stało się okazją do zobaczenia niezwykłej wrażliwości i miłości do ludzi Prymasa Tysiąclecia. W czasie Mszy św. sprawowanej przez bp. Jana Czerniaka bardzo zimno było dzieciom. Dlatego Ksiądz Prymas okrył je swoim biskupim płaszczem. Moje kazanie - czytamy w jego zapiskach - wybitnie skrócone z uwagi na chłód, wszystko po to, żeby ludzie nie zmarzli.

Przerwy pomiędzy poszczególnymi stacjami na trasie milenijnych obchodów kard. Stefan Wyszyński wykorzystywał na intensywne prace związane z życiem Kościoła w Polsce i w obu powierzonych mu diecezjach.

4 czerwca w Kurii Metropolitalnej w Warszawie odbywała się okresowa sesja poświęcona tym razem zmianom personalnym. W tym czasie zadzwonił Aleksander Skarżyński, pełniący obowiązki dyrektora Urzędu do Spraw Wyznań, który koniecznie chciał rozmawiać z bp. Zygmuntem Choromańskim. Sekretarz Episkopatu poinformował go, że w tej chwili nie może z nim się spotkać, a na takie spotkanie czeka już dwa lata. Wtedy błyskawicznie w Kurii pojawiło się pismo adresowane na ręce bp. Choromańskiego od Skarżyńskiego z zarzutami wobec Episkopatu i kard. Wyszyńskiego. List zarzucał biskupom nieodpowiedzialne wystąpienia godzące w publiczny porządek państwa, działania stanowiące naruszenie przepisów o zgromadzeniach i o ruchu na drogach publicznych (demonstracyjne przewożenie kopii Obrazu Jasnogórskiego), sprowokowanie swoimi wystąpieniami ekscesów w Krakowie i Gdańsku.

Dlatego też - pisał Skarżyński - władze państwowe żądają, by przewóz kopii obrazu MB Częstochowskiej do miejsca eskponowania, tzn. do kościoła, w którym odbywają się uroczystości milenijne i z powrotem, odbywał się niczym nie wyróżniającym się samochodem, bez asysty innych pojazdów, po trasie uzgodnionej z właściwymi organami państwowymi. Na trasie tej nie mogą być organizowane żadne zgromadzenia.

List zakończony jest groźbą konsekwencji za niepodporządkowanie się temu, skądinąd bezprawnemu, zarządzeniu.