Są też pełni obaw o los chrześcijańskich mozaik w tej starożytnej bazylice. Przypominają, co stało się na okupowanej przez Turcję części Cypru, gdzie starożytne prawosławne cerkwie również zostały przekształcone w meczety, a ich chrześcijański wystrój został rozkradziony lub zniszczony.

Ks. Pascal Gollnisch, dyrektor L’Oeuvre d’Orient, jednej z najstarszych katolickich instytucji, która wspiera Kościoły na Bliskim Wschodzie, podkreśla, że chrześcijanom nie wolno się pogodzić z przekształceniem Hagii Sophii w meczet. Jest to bowiem jeden z głównych ośrodków chrześcijańskiego kultu w świecie. Nadanie mu statusu muzeum w 1934 r. bynajmniej nie było rozwiązaniem satysfakcjonującym. Dziś trzeba się domagać powrotu bazyliki Hagia Sophia do jej pierwotnego stanu.

„Przekształcenie bazyliki w meczet to akt symboliczny, o bardzo poważnych konsekwencjach. W Stambule nie brak bowiem meczetów. Jest to swoiste wypowiedzenie wojny w sensie moralnym, religijnym. Ale jest to też chęć pokazania, że Turcja odwraca się plecami do tego, czym była od chwili powstania jej nowoczesnego państwa. Jest to bardzo poważne – powiedział Radiu Watykańskiemu prał. Gollnisch. – Jest to gest podły, agresywny i całkowicie zbędny. Domagamy się do Turcji, aby zrezygnowała ze swych planów. Są to gesty, które rzutują na postrzeganie historii Turcji oraz na jej relacje ze wspólnotą międzynarodową. Jest to wydarzenie o wielkim znaczeniu, które dotyczy oczywiście przede wszystkim naszych braci prawosławnych. Rozumiemy, że chrześcijanom w Turcji trudno jest wyrazić swoje niezadowolenie. My, jako L’Oeuvre d’Orient, nie pogodzimy się z tą decyzją. Jeśli bazylika stanie się meczetem, będziemy wnioskować o gesty o równie silniej wymowie symbolicznej, a mianowicie będziemy domagać się, by Hagia Sophia powróciła do swego pierwotnego stanu. I trzeba to postrzegać w szerokiej historycznej perspektywie. To nie są wydarzenia, które mają znaczenie tylko dla naszych dni. Są to wydarzenia, które zapisują się w historii”.