Parafia św. Jakuba Apostoła w Szczecinie powołana do życia 1 stycznia 1955 r. siedem miesięcy później - 5 sierpnia 1955 r. otrzymała nowego administratora. Został nim ks. Julian Janas - dotychczasowy proboszcz parafii św. Józefa w Szczecinie-Pomorzanach. W kapłanie z 15-letnim stażem został dostrzeżony znakomity zmysł organizatorski. Dlatego też miał on - realizując zalecenia dekretu erygującego parafię - zabiegać o uzyskanie ruin kościoła św. Jakuba od władz państwowych na własność oraz o odbudowanie tejże świątyni. „Do czasu uzyskania oraz odbudowania kościoła św. Jakuba, bazylika św. Jana Chrzciciela służyć będzie jako kościół parafialny…” - głosi dokument. Dnia 26 sierpnia 1957 r. podpisano protokół, w którym Urząd ds. Wyznań w Warszawie postanowił decyzją z 2 sierpnia 1957 r. oddać w zarząd i użytkowanie parafii rzymskokatolickiej św. Jakuba w Szczecinie (przy ul. Wiślanej!) następujące obiekty: kościół (zniszczony w 80%) wraz z cmentarzem przykościelnym, kanonią (zniszczoną w 85%) oraz dzwonem kościelnym. Dokument został podpisany przez starszego inspektora Edwarda Chomiuka reprezentującego Urząd ds. Wyznań oraz proboszcza ks. Juliana Janasa. Od tego okresu prace w parafii prowadzone były dwutorowo. Życie duchowe parafii koncentrowało się przede wszystkim w kościele zastępczym pw. św. Jana Chrzciciela przy ul. Bogurodzicy, a odbudowa i środki materialne miały dotyczyć odzyskanego obiektu.
Ks. Janas umiejętnie łączył sprawy duchowe z tematem odbudowy jakubowej świątyni. Dowodem tego są pierwsze parafialne Misje Święte prowadzone od 5 do 13 października 1957 r. przez oblatów z Gorzowa Wlkp. Na ich zakończenie przy kościele św. Jana Chrzciciela poświęcono 10-metrowy krzyż, który przeniesiono i ustawiono przy ruinach kościoła św. Jakuba. To 30 listopada 1957 r. odwiedzając Szczecin pod ruiny kościoła, przybył Prymas Polski kard. Stefan Wyszyński i wygłosił przemówienie do wiernych miasta. To przy obecnej kaplicy Mariackiej na zewnątrz sprawowane były Msze św. polowe.
Organem doradczym, wspomagającym ks. Janasa w odbudowie kościoła św. Jakuba był zatwierdzony przez Kurię Biskupią w Gorzowie Społeczny Komitet Odbudowy Kościołów na Starym Mieście w Szczecinie, przekształcony niedługo po tym w Społeczny Komitet Odbudowy Zabytkowego Rzymskokatolickiego Kościoła św. Jakuba na Starym Mieście w Szczecinie. Komitet na przełomie kwietnia i maja 1958 r. wystosował odezwę „Do ludności katolickiej miasta Szczecina”, w której informował o historii kościoła św. Jakuba i zapraszał do czynnego włączenia się wiernych w odbudowę świątyni. Prace przy ruinie miały rozpocząć się od 2 maja. Planowane zakończenie miało nastąpić 30 sierpnia 1958 r. Roboty związane z odgruzowaniem prowadzono codziennie od godz. 16 do 20 z wyjątkiem niedziel i świąt. Dzięki zapiskom i odręcznemu szkicowi Bolesława Czwójdzińskiego - członka Społecznego Komitetu Odbudowy - wiemy, jak wyglądało odgruzowanie w pierwszych dwóch tygodniach:
„2 maja 1958 r. - piątek o godz. 17 - rozpoczęto roboty przy odgruzowaniu kościoła św. Jakuba. Był dość silny, chłodny wiatr. Dlatego stół, na którym ustawiono ołtarzyk ulokowano, miast pod krzyżem, pod ścianą kaplicy (na szkicu litera a). Po krótkiej modlitwie i Litanii Loretańskiej odśpiewano pieśń, po której ks. proboszcz Janas wygłosił krótkie kazanie i udzielił błogosławieństwa. Z wieży, z rusztowania zabrzmiał po raz pierwszy hejnał maryjny «Chwalcie łąki umajone», po raz pierwszy znowu po bez mała 450 latach. Przystąpiono do pierwszego uderzenia kilofem, pierwszego napełnienia wiadra gruzem. Ludzi przyszła znaczna liczba. Do książki zapisała się nie cała rzesza, tylko ci, co pozostali przy pracy do końca. Do pracy przybyło przeszło 100 osób.

Roboty przy odgruzowaniu:
2 maja 1958 rozpoczęcie odgruzowania (1);
6 maja usunięto już tyle gruzu, że powstał dostęp do kaplicy, względnie zakrystii (2);
14 maja ukończono odgruzowanie kaplicy (2).
W tym samym czasie inna kolumna usunęła zwały gruzu z przedsionka do zakrystii i kościoła do strony południowo-zachodniej (5).
10 maja stwierdziłem oczyszczoną nawę boczną (1) jak na szkicu.
Uzyskane cegły i połówki umieszczono w kościele, we wnękach;
14 maja (środa) założono też pierwsze drzwi, zwykłej ciesielskiej roboty z nieheblowanych desek, z zamkiem i zawiasami (b) przejście (c) zabito deskami na głucho;
15 maja 1958 r. rozpoczęto odgruzowanie nawy głównej (3) w miejscu wskazanym literą (d)”.
Powyższe prace były konsultowane z Wojewódzkim Konserwatorem Zabytków w Szczecinie - Henrykiem Dziurlą. Dla ekipy odgruzowującej świątynię z magazynów konserwatora wypożyczono: 4 taczki, 6 szufel i 2 kilofy. Dodać należy, iż w okresie od 1959 do 1961 r. pracownicy Pracowni Konserwacji Zabytków oddział Szczecin podjęli się bardzo trudnego zadania: zabezpieczenia bryły wieży.
Pod koniec czerwca 1962 r. na ręce ks. Janasa przyszło pismo Wydziału ds. Wyznań Prezydium Wojewódzkiej Rady Narodowej w Szczecinie. Kierownik Wydziału Henryk Kołodziejek informował proboszcza, że „wobec braku decyzji co do odbudowy budynku kościoła pw. św. Jakuba, żadne prace budowlane przy tym budynku nie mogą być przez parafię prowadzone”. Dziewięć lat później ten sam kierownik 27 kwietnia 1971 r. podpisał zgodę na odbudowę kościoła pw. św. Jakuba w Szczecinie.