Pierwsze wzmianki o kościele i parafii w Lipnicy pochodzą z początku XV wieku. W 1610 r. świątynia, która już wtedy nosiła tytuł św. Michała Archanioła, spłonęła, a patronat nad dziełem odbudowy podjęła siostra króla Zygmunta III - Anna Wazówna. Jej nieoczekiwana śmierć w 1625 r. przerwała prace; w 1829 r. mury niedokończonego kościoła rozebrano, a wieś poddano pod jurysdykcję parafii w Wielkich Radowiskach, zaś następnie w Golubiu. W 1922 r. ukończono budowę istniejącej do dzisiaj świątyni. W 1936 r. ówczesny ordynariusz chełmiński, bp Stanisław Okoniewski, erygował w Lipnicy parafię, wydzielając jej terytorium z obszaru parafii Golub i utrzymując pierwotny tytuł św. Michała Archanioła.
Kościół nie wykazuje wyraźnych cech stylowych; jest murowany z cegły i otynkowany.
Został wzniesiony na planie prostokąta, z wieżą od strony zachodniej i z prezbiterium zamkniętym apsydą. Wystrój kościoła jest skromny; na wzmiankę zasługuje neogotycka chrzcielnica, neobarokowy feretron oraz organy z końca XIX wieku. Na dziedzińcu kościelnym znajduje się figura św. Floriana oraz krzyż misyjny. Na terenie całej parafii znaleźć można 5 przydrożnych kapliczek oraz 4 krzyże.
Parafię zamieszkuje 993 wiernych z Lipnicy i okolicznych wiosek, rozsianych w promieniu 3-5 km od kościoła: Gałczewka, Gałczewa, Głodowa, Małego Pułkowa i Sokoligóry. Ostatnie liczenie wykazało, że udział parafian w niedzielnej Eucharystii sięga 40 procent. W ciągu minionego roku udzielonych zostało ok. 18 tys. Komunii św.
Proboszczem parafii w Lipnicy od 5 lutego 2003 r. jest ks. Stanisław Kadziński, który wcześniej był wikariuszem w parafii św. Katarzyny Aleksandryjskiej w Golubiu. Tuż po objęciu parafii podjął on wraz z radą duszpasterską i radą ekonomiczną decyzję o remoncie kościoła i plebanii. Główne prace zostały wykonane od maja do listopada 2003 r.
- Moi parafianie to głównie rolnicy prowadzący niewielkie gospodarstwa - mówi Ksiądz Proboszcz. - Pomimo dopłat unijnych, ich sytuacja ekonomiczna jest bardzo trudna; zawsze jednak mogę liczyć zarówno na ich ofiarność materialną, jak i na zaangażowanie w życie religijne. W parafii działają róże różańcowe, których członkowie modlą się za wstawiennictwem Matki Bożej o łaski dla parafii, diecezji, Ojczyzny i świata. Na szczególną uwagę zasługuje fakt, że parafianie trwają na codziennej modlitwie różańcowej w kościele przed wieczorną Mszą św. W każdy czwartek czciciele Bożego miłosierdzia odmawiają Koronkę. W pierwsze czwartki i piątki miesiąca odbywają się też godzinne adoracje Najświętszego Sakramentu. Jest to czas, kiedy każdy może na kolanach oddać pokłon Bogu, wpatrywać się w Jezusa wystawionego w monstrancji, zastanowić się nad swoją wiarą. Dopełnieniem adoracji jest wieczorna Msza św., sprawowana w intencji powołań do służby w Kościele.
- W każdy pierwszy piątek odwiedzam chorych w domach ze spowiedzią i Komunią św. - dodaje Ksiądz Proboszcz. - W Tygodniu Miłosierdzia w kościele sprawowana jest Eucharystia w intencji chorych, których przywożą do świątyni ich bliscy. Chorzy wysłuchują okolicznościowej nauki, przyjmują sakrament namaszczenia i otrzymują indywidualne błogosławieństwo Najświętszym Sakramentem.
W parafii działa zespół charytatywny i Szkolne Koło Caritas. Organizujemy zbiórki odzieży i żywności, która potem jest przekazywana rodzinom potrzebującym pomocy. Dzięki ofiarności ludzi dobrej woli, wielu parafian jest też obdarowywanych paczkami na święta Bożego Narodzenia.
Wśród parafian trwa żywa pamięć o słudze Bożym Janie Pawle II. Zgodnie z tradycją zapoczątkowaną jeszcze za życia Ojca Świętego, każdego 13. dnia miesiąca uczestniczą oni we Mszy św. Niegdyś modlili się w niej o łaski dla Papieża w pełnieniu posługi Piotrowej, a obecnie - o jego jak najszybszą beatyfikację. Dzieci i młodzież przygotowują w te dni okolicznościowe akademie.
- W ramach pracy duszpasterskiej - kontynuuje Ksiądz Stanisław - spotykam się z rodzicami dzieci mających przyjąć sakrament chrztu oraz z młodzieżą przygotowującą się do przyjęcia sakramentu bierzmowania; raz w miesiącu swoje spotkanie mają też rodzice i dzieci przygotowujące się do Pierwszej Komunii św. Podczas środowej Nowenny do Matki Bożej Nieustającej Pomocy głoszę katechezy dla dorosłych.
Na terenie parafii funkcjonują dwie szkoły: Szkoła Podstawowa w Lipnicy i Gimnazjum w Gałczewie. W obu w okresie Wielkiego Postu odbywają się rekolekcje: w Lipnicy zarówno w budynku szkolnym, jak i w kościele, natomiast w Gałczewku, z uwagi na odległość, tylko w szkole. Ciekawostką jest to, że do tamtejszego Gimnazjum uczęszcza młodzież z terenu aż trzech diecezji: toruńskiej, płockiej i włocławskiej, co wynika z położenia lipnickiej parafii w granicach tych trzech diecezji. Co roku w Gimnazjum odbywa się konkurs wiedzy religijnej, w którym biorą udział uczniowie z okolicznych szkół.
W parafii rozwija się też ruch pielgrzymkowy.
2 lipca wierni z Lipnicy, w szczególności młode małżeństwa, wędrują do sanktuarium Matki Bożej Brzemiennej w Chełmoniu. Co roku organizowana jest też pielgrzymka do polskich sanktuariów maryjnych (w tym roku parafianie byli w Gidlach i na Jasnej Górze), a Wielkim Poście - na misterium Męki Pańskiej.
- Bardzo uroczyście obchodzimy dożynki parafialne, które przypadają 15 sierpnia, w uroczystość Wniebowzięcia Matki Bożej - mówi Ksiądz Proboszcz. - Spośród wieńców dożynkowych wybierany jest najpiękniejszy, który przedstawiciele parafii zabierają następnie na dożynki diecezjalne.
- Jako proboszcz pragnę serdecznie podziękować wszystkim osobom zaangażowanym w życie parafialne: zarówno tym, które podtrzymują życie modlitewne, jak i tym, które dbają o wystrój i porządek w świątyni. Osobne słowa wdzięczności pragnę skierować do ofiarodawców, dzięki którym możliwe było przeprowadzenie znaczących remontów w tak krótkim czasie. Są wśród nich nie tylko mieszkańcy parafii, ale i jej sympatycy, mieszkający poza jej granicami. Do wszystkich kieruję serdeczne „Bóg zapłać”! - dodaje na zakończenie ks. Stanisław Kadziński.