25 marca 1992 r. Ojciec Święty Jan Paweł II powołał do istnienia diecezję zamojsko-lubaczowską, a tworzenie jej struktur powierzył ówczesnemu biskupowi pomocniczemu diecezji lubelskiej Janowi Śrutwie. O tego czasu zostały utworzone: Kuria Diecezjalna, Sąd Diecezjalny, Wyższe Seminarium Duchowne z siedzibą w Lublinie, Muzeum Diecezjalne, Dom Księży Seniorów i inne instytucje kościelne. Powstało m.in. Kolegium Teologiczne, został przeprowadzony I Synod Diecezjalny.
Według Biskupa Jana, najważniejsze wydarzenia z życia diecezji w okresie pełnienia przez niego posługi pasterskiej to: wizyta Ojca Świętego Jana Pawła II, Synod Diecezjalny, który odbył się w latach 1996 - 2001 i zajął się uporządkowaniem prawa diecezjalnego. „Wypada mi na trzecim miejscu postawić koronację cudownego obrazu Matki Bożej Tomaszowskiej. W tamtym kościele był mój chrzest, tam była pierwsza spowiedź, Komunia św., pogrzeb Mamy i prymicje kapłańskie i biskupie. A kiedy zostałem biskupem i byłem świadomy, że abp Pylak czynił przygotowania, żeby ten obraz ukoronować papieskimi koronami, podjąłem to jako pierwsze swoje zadanie i bardzo szybko, w ciągu dwóch lat, udało się je zrealizować” - mówił Ksiądz Biskup.
W rozmowie z dziennikarzami Ksiądz Biskup ocenił kondycję diecezji - i pod względem organizacyjnym, i duchowym - jako dobrą: „Jest tutaj podstawowy porządek, nie ma spraw zaniedbanych, nie ma jakichś rozdwojeń, podziałów. Nasza diecezja znalazła się na 4. miejscu, jeśli chodzi o procent wiernych uczęszczających na niedzielną Msze św.; w tej chwili ta liczba wynosi ponad 50%. Te podstawowe struktury są zbudowane, ale trzeba je natchnąć nowym duchem. Przychodzi więc nowy biskup ks. Wacław Depo, poniekąd mój wychowanek”.
Biskup Senior podkreślił wielkie zasługi dla diecezji pierwszego kanclerza, ks. prof. Franciszka Greniuka, nieżyjącego już ks. prał. Andrzeja Jabłońskiego, który przez pierwsze 2 lata zarządzał finansami, biskupa pomocniczego Mariusza Leszczyńskiego, budowniczego i rektora seminarium duchownego, obecnego kanclerza ks. prał. Adama Firosza oraz ks. prał. Czesława Grzyba, proboszcza parafii katedralnej.
Bp Jan Śrutwa zamieszka w Domu dla Emerytowanych Księży w Biłgoraju, ale nadal zamierza aktywnie uczestniczyć w życiu diecezji i pełnić odpowiednią posługę. Postrzega ją w trojaki sposób: jako działalność nauczycielską (kazania, wykłady na wydziale KUL w Tomaszowie Lub., pisanie książek), działalność nad uświęcaniem ludzi (sprawowanie sakramentów świętych) oraz jako kapłańskie i biskupie kierownictwo.
„Odchodzę z uczuciem dobrze spełnionego obowiązku i tak jak żołnierz, któremu powiedziano: spocznij, odmaszerować! Po służbie jestem, kochani. - powiedział na zakończenie Biskup Jan. - I bardzo czekam, bardzo jestem ciekawy, jak będzie wyglądało moje spotkanie z Tym, któremu uwierzyłem, któremu służę. Czekam na spotkanie ostateczne z Jezusem Chrystusem.