Warto zauważyć, że od 1909 r. przy Wyższym Seminarium Duchownym we Włocławku wydawanej jest najstarsze polskie czasopismo teologiczne „Ateneum Kapłańskie”, które powstało z inicjatywy ówczesnego rektora seminarium, ks. Idziego Radziszewskiego. Było ono dla profesorów włocławskich bodźcem do pracy naukowej, a dla alumnów okazją do wdrażania się do poważnej lektury teologicznej. Kiedy w 1918 r. ks. Idzi Radziszewski tworzył Katolicki Uniwersytet Lubelski, razem z nim czterech innych profesorów seminarium włocławskiego podjęło pracę na tej uczelni. Czterech rektorów KUL-u pochodziło z grona profesorów seminarium włocławskiego: ks. Idzi Radziszewski (1918-22), ks. Józef Kruszyński (1925-33), ks. Antoni Szymański (1933-42) i ks. Józef Iwanicki (1952-56). Nawiązane i ugruntowane przez lata związki z KUL-em trwały do 2001 r. – na tej uczelni alumni włocławscy zdobywali stopnie magisterskie, a z absolwentów KUL-owskich wywodziła się znaczna część grona profesorskiego.

Dokument erekcyjny włocławskiego seminarium z dnia 16 sierpnia 1569 r. przewidywał utrzymanie dla 24 kleryków (ośmiu z nich było przeznaczonych dla pracy w pomorskiej części diecezji). Program nauczania obejmował: język polski, łaciński i grecki, biblistykę, teologię dogmatyczną i moralną, wymowę oraz obrzędy kościelne. Szczególną uwagę zwracano na przygotowanie alumnów do słuchania spowiedzi, nauczania katechizmu i mówienia kazań.

Początki funkcjonowania tej szkoły duchownej nie były łatwe, tak dla trudności materialnych, jak i nie zawsze przychylnego nastawienia następców Karnkowskiego, Właściwe jej odnowienie nastąpiło za bp. Pawła Wołuckiego, który od początku swojego pobytu w diecezji zwrócił uwagę na niedogodność płynącą z braku pełnego funkcjonowania seminarium. Jego staraniem alumni włocławscy, dotąd przebywający w różnych szkołach, w 1619 r. wrócili do Włocławka i zamieszkali w gmachu wystawionym przez biskupa Wołuckiego. Wiek XVII jednak, znaczony wojnami szwedzkimi, nie był przyjazny dla seminarium, które najczęściej wegetowało, bez nadziei większego rozwoju.

Dopiero bp Konstanty Felicjan Szaniawski dokonał ponownego odnowienia seminarium, co niektórzy nazywają nawet drugą jego erekcją. Aktem z dnia 31 XII 1719 r. oddał on zarząd seminarium w ręce księży misjonarzy św. Wincentego a Paulo. Nie powiodły się czynione po 1818 r. przez biskupa Koźmiana próby przeniesienia seminarium do pocysterskich zabudowań w Lądzie, a to głównie z powodu negatywnego stanowiska kierowników zakładu, księży misjonarzy, którzy prowadzili je do 1864 r. Gdy na skutek kasaty zakonów w Królestwie Kongresowym misjonarze musieli opuścić seminarium, na ich miejsce przyszli księża diecezjalni, a pierwszymi byli bracia Zenon i Stanisław Chodyńscy. Pod kierownictwem moderatorów i profesorów spośród duchowieństwa diecezjalnego seminarium pozostaje do dnia dzisiejszego.

Wzrastająca z każdym rokiem liczba kleryków domagała się powiększenia pomieszczeń seminaryjnych, gdyż budynek wystawiony w 1843 r. (dzisiaj zajmowany przez bibliotekę seminaryjną), nie mógł pomieścić wszystkich. Dzięki staraniom rektora ks. Stanisława Chodyńskiego wybudowano: w 1882 r. piętrowe skrzydło przeznaczone na mieszkania dla kleryków (drugie piętro dobudowano w 1908 r.), w 1888 r. piętrowy budynek mieszczący kuchnię, refektarz i sale wykładowe na górze, w 1899-1900 okazały budynek frontowy wzdłuż ul. Seminaryjnej (obecnie Prymasa Stanisława Karnkowskiego).

Seminarium włocławskie dzięki wysokiemu poziomowi naukowemu znalazło się w okresie międzywojennym w czołówce seminariów duchownych w Polsce. Doceniły to władze państwowe, przyznając mu w 1927 r. prawa szkoły wyższej, równoznaczne z prawami fakultetów teologicznych na uniwersytetach. W ostatnim roku przed wybuchem II wojny światowej w Seminarium Duchownym we Włocławku pracowało 15 księży profesorów oraz kształciło się 120 alumnów. 7 X 1939 r. Niemcy aresztowali wszystkich profesorów i 22 alumnów którzy nie zważając na niebezpieczeństwa rozpoczęli normalne studia seminaryjne. Aresztowani byli najpierw przetrzymywani w Lądzie, a potem zostali wywiezieni do obozu koncentracyjnego w Dachau, gdzie większość z nich poniosła śmierć męczeńską. W gronie 108 Męczenników II wojny światowej beatyfikowanych 13 czerwca 1999 r. przez św. Jana Pawła II znajdują się rektor włocławskiego seminarium ks. Henryk Kaczorowski i dwóch alumnów: Bronisław Kostkowski i Tadeusz Dulny.

Po wojnie seminarium rozpoczęto zajęcia 4 IV 1945 r. na plebani w Lubrańcu (liczyło ono wtedy 36 alumnów). Jego organizacją zajął się ks. Stefan Wyszyński późniejszy Prymas Polski. W maju 1945 r. przeniesiono je do Włocławka. Warunki lokalowe seminarium poprawiły się po wybudowaniu w latach 1980-86, za rektorstwa ks. Franciszka Jóźwiaka i ks. Mariana Gołębiewskiego, nowego skrzydła, mieszczącego aulę im. Prymasa Stefana Wyszyńskiego, salę gimnastyczną i mieszkania profesorów. Za kolejnych rektorów ks. Wojciecha Hanca, ks. Zdzisława Pawlaka i obecnego rektora ks. Jacka Szymańskiego dokonywano kolejnych inwestycji i remontów. Podjęte z inicjatywy bp. Wiesława Meringa generalne remonty gmachu głównego, gmachu kleryckiego, biblioteki seminaryjnej oraz dziedzińca doczekały się uroczystego poświęcenia w roku 2015.

Przy seminarium włocławskim działa Teologiczne Towarzystwo Naukowe (od 1984 r.). Od 2001 r. seminarium włocławskie działa w strukturach Wydziału Teologicznego UMK w Toruniu. Obecnie we włocławskim seminarium studiuje 28 alumnów. Na rok pierwszy do tej pory zgłosiło się 6 kandydatów.