Po śmierci papieża Klemensa II cesarz Henryk III na papieża wyznaczył kolejnego Niemca, pochodzącego z Bawarii - niejakiego Poppo, biskupa Bressanone, który przyjął imię Damazy II. Ponieważ wówczas pojawił się antypapież Benedykt IX, który okupował Rzym, Damazy II mógł objąć urząd dopiero 17 lipca 1048 r. Niestety, nie dane mu było długo rządzić Kościołem. Po 23 dniach sprawowania władzy, zmarł 9 sierpnia 1048 r. w Palestrinie, gdzie miał się schronić przed letnimi upałami.
Teraz kolejnym faworytem niemieckiego cesarza Henryka III na papieża został 46-letni kuzyn Brunon, hrabia Egisheim-Dagsburg w Alzacji. W momencie nominacji na biskupa Rzymu zasiadał na stolicy biskupiej w Toul. Przybrał imię Leon IX. Jego intronizacja odbyła się 12 lutego 1049 r. na Lateranie. Był to jeden z najważniejszych pontyfikatów w średniowieczu, gdyż Leon IX rozpoczął odnowę Kurii rzymskiej, skutecznie zwalczał symonię (nabywanie urzędów biskupich), zabiegał o zaostrzenie celibatu duchownych. Z kolegium kardynalskiego, do którego powołał wybitne osobistości, uczynił krąg swoich doradców. Większą część swego pontyfikatu spędził poza Rzymem, na synodach we Francji, Italii i Niemczech, na których przeprowadzał reformę Kościoła. Na jednym z tych synodów (Remis 1049 r.) przyznano papieżowi wyłączny tytuł patriarchy ekumenicznego. Upragniona przez niego reforma Kościoła służyła także umacnianiu papiestwa. Leon IX był też stanowczym rzecznikiem prymatu rzymskich papieży nad całym Kościołem, nad innymi biskupami, a zwłaszcza nad patriarchą Konstantynopola, co doprowadziło w 1054 r. do Wielkiej Schizmy i rozłamu między Kościołem katolickim i prawosławnym. Legaci Leona IX (po jego śmierci, o której nie wiedzieli) w 1054 r. obłożyli patriarchę Konstantynopola klątwą, która przypieczętowała schizmę wschodnią, czyli podział chrześcijaństwa na katolicyzm i prawosławie.
Kolejnym papieżem-Niemcem był Wiktor II (1055-57). Również i on został wyznaczony na następcę św. Piotra przez cesarza Henryka III. Z chrztu Gebhard pochodził z rodu hrabiów Dollnstein-Hirschberg i był spokrewniony z domem cesarskim. Od 1042 r. zasiadał na stolicy biskupiej w Eichstätt, ciesząc się wielkim autorytetem jako doradca i kanclerz na dworze Henryka III. Jak piszą hagiografowie, był to człowiek wielkich cnót i uczciwości. Podobno przez 5 miesięcy miał ociągać się z przyjęciem ofiarowanej mu godności następcy św. Piotra. Kiedy już ją przyjął, rządził Kościołem w duchu swego poprzednika Leona IX, czyli kościelnej odnowy. Zwoływane przezeń synody reformistyczne do Florencji (1055), Tuluzy (1056), Compostelli (1056) i Rzymu (1057), w których papież uczestniczył osobiście lub przez swych legatów, zajęły się nade wszystko przywróceniem dyscypliny kościelnej, odnowieniem życia religijnego i wykorzenieniem symonii. Podczas swego pobytu w 1056 r. w Niemczech, był świadkiem zgonu Henryka III, który powierzył jego opiece swego niepełnoletniego syna Henryka IV. Wiktor II przyjął więc na pewien czas urząd regenta państwa i zapewnił młodemu królowi dziedzictwo.
Począwszy od lutego 1057 r. Wiktor II zaczął przeprowadzać synody reformistyczne w Italii. Podczas obrad jednego z nich w Arezzo 28 lipca 1057 r. zmarł. Zgodnie z życzeniem papieża, jego szczątki wieziono do Eichstätt, gdzie miał zostać pochowany. Po drodze jednak mieszkańcy Ravenny odebrali przemocą ciało wiozącym je osobom i pochowali papieża w kościele Santa Maria Rotonda, obok Teodoryka Wielkiego. Wypada nadmienić, iż na tym pontyfikacie zakończyła się ścisła współpraca cesarstwa i papiestwa w zabiegach o zreformowanie Kościoła, którym przewodził dotąd cesarz.
Cztery dni po śmierci Wiktora II, 2 sierpnia 1057 r., następcą św. Piotra został wybrany został kolejny Niemiec, kardynał Fryderyk, Książe Lotaryngii, opat Monte Cassino, który przyjął imię Stefan IX (1057-58). Przy wyborze Stefana nie spytano uprzednio w Niemczech o zgodę na ten wybór, łamiąc tym samym uroczystą obietnicę daną w 1046 r. cesarzowi Henrykowi III. Dopiero kilka tygodni później zwrócił się Stefan o zatwierdzenie tego wyboru, na który jako regentka państwa cesarzowa-wdowa Agnieszka, wyraziła zgodę. Chociaż w zasadzie papież ten trzymał się drogi odnowy swych poprzedników, to wydarzenia w trakcie wyboru zaczęły wskazywać na nowe hasło, które miało dominować w przyszłości: papież zabiegał o wolność Kościoła i jego większą niezależność od niemieckiego cesarstwa. Dlatego też polecił on Hildebrandowi (benedyktynowi, przyszłemu papieżowi Grzegorzowi VII), aby przestudiował nowe zasady elekcji papieża, tytułem zabezpieczenia jej przed zewnętrznymi naciskami cesarza lub wichrzycieli arystokracji rzymskiej. Niestety, nie udało mu się wprowadzić owego zamysłu w życie. W 8. miesiącu pontyfikatu, w czasie podróży 29 marca 1058 r. Stefan IX zmarł we Florencji, gdzie został pochowany.
Dopiero jego następca, już nie Niemiec, Mikołaj II (1058-61), natychmiast po wyborze określił warunki elekcji papieża, ograniczając krąg kandydatów jedynie do kardynałów. Opracowany przez niego regulamin pozostawał odtąd w zasadzie niezmieniony; drobne zmiany precyzowały pewne postanowienia, modyfikowały jeszcze inne, nie naruszając jednak zasad ustanowionych przez Mikołaja II, za poradą Hildebranda.
19 kwietnia 2005 r. do grona papieży niemieckich dołączył Benedykt XVI. Można być raczej pewnym, iż nowy Papież będzie kontynuował wdrażanie postanowień Soboru Watykańskiego II, ale nie będzie przełomów. W decyzji konklawe zwyciężyła opcja zachowania status quo i kontynuacji dotychczasowej polityki Kościoła. Wydaje się, iż Benedykt XVI nie podejmie nowych tematów, takich jak celibat czy kapłaństwo kobiet, ale będzie realizował politykę Jana Pawła II. Ale jedno jest pewne: nowy Papież będzie godnym następcą swoich średniowiecznych poprzedników-rodaków.