Uroczysty akt wręczenia Stypendium im. ks. Wojciecha Borowiusza, który miał miejsce 13 grudnia 2004 r. w auli Collegium Novum Uniwersytetu Jagiellońskiego, był dopełnieniem dobroczynnego dzieła ks. Borowiusza.
Ten najsłynniejszy rodak parafii Cmolas, który w wieku 13 lat doznał objawienia Pana Jezusa Przemienionego, doktor filozofii i teologii, prepozyt krakowskiej kolegiaty św. Floriana, czterokrotny rektor Akademii Krakowskiej - u schyłku swego życia w 1642 r. uczynił kilka fundacji: kościoła, umieszczonego w nim obrazu Przemienienia Pańskiego (który szybko zyskał miano łaskami słynącego), domu dla ubogich oraz stypendiów dla rodaków cmolaskich, którzy chcieli studiować na ówczesnej Akademii Krakowskiej.
Różnie układały się losy tych fundacji. Wokół kościoła i cudownego obrazu narastał kult - dzisiaj jest to centrum sanktuarium Przemienienia Pańskiego w Cmolasie. Budynek domu dla ubogich stał jeszcze do lat 60. XX wieku, ale nie pełnił już swej pierwotnej funkcji. Dopiero w 1994 r. wyremontowano dawną plebanię i uruchomiono w niej Dom Pomocy Społecznej im. ks. W. Borowiusza dla 24 pensjonariuszy. Obecnie trwa jego rozbudowa. Z dzieł fundacyjnych ks. Borowiusza jedynie fundacja stypendialna czekała na reaktywację. Starania o nią poprzedziła prawie dwuletnia dyskusja, której patronował ks. prał. Kazimierz Szkaradek, proboszcz parafii i kustosz sanktuarium w Cmolasie. Dyskusja ta zaowocowała skierowaniem pisma do rektora Uniwersytetu Jagiellońskiego z prośbą o pomoc i opiekę prawną nad fundacją. Rektor prof. dr hab. Franciszek Ziejka przychylił się do tej prośby, a 8 sierpnia 2004 r. podczas uroczystości odpustowej ku czci Przemienienia Pańskiego przekazał stosowne dokumenty. Dawna fundacja stypendialna przybrała nazwę Stypendiów im. ks. Wojciecha Borowiusza i stała się częścią Małopolskiego Funduszu Stypendialnego im. Stanisława Pigonia.
Fundatorem stypendiów jest parafia i sanktuarium Przemienienia Pańskiego w Cmolasie. Wysokość ustala rektor UJ w porozumieniu z proboszczem parafii Cmolas. O stypendia mogą starać się studenci studiów dziennych z uczelni publicznych i niepublicznych (nie tylko z UJ), wywodzący się z parafii, pochodzący z niezamożnych rodzin, którzy wykazują się bardzo dobrymi wynikami w nauce.
Praktyczna realizacja zapisów prawnych nastąpiła 13 grudnia 2004 r. podczas wspomnianej uroczystości. Wśród ponad 370 różnorodnych stypendiów, przyznanych studentom, doktorantom i innym pracownikom naukowym Stypendium im. ks. Wojciecha Borowiusza było jedynym ufundowanym przez społeczność parafialną. W obecności ks. prał. K. Szkaradka Rektor Uniwersytetu Jagiellońskiego wręczył akt o jego przyznaniu Rafałowi Augustynowi z Cmolasu, studentowi I roku lingwistyki na Uniersytecie Marii Curie-Skłodowskiej w Lublinie. Stypendium, w wysokości 400 zł, przyznane zostało na rok akademicki.
Darczyńcy - kapłani pracujący w parafii Cmolas i wywodzący się z niej, członkowie róż różańcowych, samorządowcy, przedsiębiorcy, ofiarodawcy indywidualni i instytucjonalni - wiedzą, że od ich ofiarności, wytrwałości i konsekwencji zależy, czy wspólnota parafialna okaże się godnym partnerem Uniwersytetu Jagiellońskiego. Nie dla siebie wskrzesili dawne dzieło ks. Wojciecha Borowiusza, ale dla ludzi młodych, od których zależeć będzie pomyślność małej i dużej ojczyzny.