1 maja 1965 r. wieczorem kard. Stefan Wyszyński w Jasnogórskiej Bazylice otworzył dziewiąty, ostatni rok Wielkiej Nowenny Tysiąclecia Chrztu Polski. Uroczystej Mszy św. pontyfikalnej przewodniczył abp Karol Wojtyła. Po niej Prymas Polski i Arcybiskup Krakowski nałożyli na podobiznę Matki Bożej Częstochowskiej nową, przygotowaną specjalnie na milenijne obchody, sukienkę. Na zakończenie Ksiądz Prymas wygłosił dłuższe przemówienie poświęcone Matce Bożej i Jej kultowi.

Przez dwa następne dni przewodniczył na Jasnej Górze ogólnopolskim uroczystościom ku czci Matki Bożej Królowej Polski.

5 maja w godzinach wieczornych Prymas Tysiąclecia wyruszył do Rzymu na obrady komisji przygotowującej ostatnią serię obrad soborowych. Pobyt w Wiecznym Mieście nie ograniczył się jednak tylko do prac, które miały przygotować kalendarz posiedzeń soborowych. W tym czasie kard. Wyszyński między innymi: dwukrotnie został przyjęty na audiencji prywatnej przez papieża Pawła VI, brał udział w uroczystościach ku czci św. Stanisława Biskupa w kościele pod wezwaniem tego Świętego, uczestniczył w konsekracji biskupiej mons. Luigi Poggi, przyszłego wysłannika papieskiego do spraw kontaktów z Rządem PRL, w kaplicy Matki Bożej Częstochowskiej w Grotach Watykańskich odprawił Mszę św. dziękczynną w 19. rocznicę swojej konsekracji biskupiej oraz przewodniczył uroczystościom na Monte Cassino z okazji 21. rocznicy bitwy pod tym wzgórzem.

Do Polski wrócił 22 maja. Dzień wcześniej sekretarz Episkopatu, bp Zygmunt Choromański, z upoważnienia kard. Stefana Wyszyńskiego, wystosował do Ministra Spraw Wewnętrznych protest w sprawie odmowy zameldowania osobom duchownym.

Sprawa ciągnęła się już od wielu miesięcy. Dotyczyła tak zwanych miast wydzielonych. Władze komunistyczne, chcąc zapobiec masowej migracji ze wsi do miast, wprowadziły ograniczenia w możliwości zameldowania w takich miastach. To ograniczenie swobód obywatelskich pozwalało "załatwić" także problem nieustannego braku mieszkań. Zezwolenia na zameldowanie otrzymywali jedynie ci, których pobyt uzasadniony jest poważnymi względami gospodarczymi. Powołując się na to sformułowanie, Wydziały Spraw Wewnętrznych Prezydiów Rad Narodowych odmawiały zameldowania księżom, zakonnikom i zakonnicom. W piśmie informującym o odmowie zameldowania padało sakramentalne: Ponieważ pobyt obywatela nie jest uzasadniony poważnymi względami, postanowiono nie udzielić pozwolenia na pobyt ... Działo się tak, mimo że Urząd do Spraw Wyznań powołując się na ustalenia Komisji Wspólnej, postanowił jeszcze w 1957 r., w odniesieniu do Warszawy, żeby zakonnice i zakonnicy, korzystający z mieszkań w siedzibach Zgromadzeń, byli meldowani bez przeszkód. Również uchwała Stołecznej Rady Narodowej stwarzała możliwości zameldowania tych osób, które nie obciążą puli mieszkaniowej stolicy. Komuniści wykorzystywali jednak każdą możliwość, żeby, jeżeli nie wprost walczyć z Kościołem, to przynajmniej wydatnie utrudnić mu życie.

25 maja odbył się pogrzeb Jana Cabanka, który przez wiele lat był dozorcą, ale jednocześnie i opiekunem domu arcybiskupiego. To on był jednym ze świadków aresztowania Księdza Prymasa w 1953 r. Kard. Wyszyński przewodniczył uroczystościom pogrzebowym, oddając w ten sposób cześć temu skromnemu i gorliwemu człowiekowi.