Konserwatorzy spod warstw tynku wydobyli tablice epitafijne z krzyżami i fragmentami inskrypcji. Trumny były wsuwane do wmurowanych nisz. Następnie zostały zamurowane, a na ścianach wykonano tablice. Prawdopodobnie wszystkie komory są wypełnione. Konserwatorzy oceniają, że jest ich ok. 30-40. Podobne katakumby można zobaczyć np. u kamedułów na Bielanach.

Są tam pochowani ojcowie pijarzy i osoby świeckie. Trumny umieszczano w kryptach od XVIII do końca XIX wieku. O dwóch pochówkach z XX wieku wiedziano, bo zachowały się tablice epitafijne: zmarłego w 1946 r. prowincjała zakonu o. Hieronima Stusińskiego i zmarłego w 1956 r. biskupa pomocniczego łucko-żytomierskiego Michała Godlewskiego. W latach 80. ub. wieku pod kamienną posadzką natrafiono na szczątki zmarłych, które zostały złożone w trumience i umieszczone w przeszklonej niszy.

„Miejsca pochówku były widoczne do końca XIX wieku. Potem zostały zasłonięte nowymi tynkami podczas remontu, a czas i zawieruchy wojenne sprawiły, że pamięć o katakumbach się zatarła. Dla nas jest to pewna niespodzianka” – przyznał w rozmowie z dziennikarzami o. Józef Tarnawski SP, ekonom zakonu.

Jak powiedziała dziennikarzom archiwistka Polskiej Prowincji Zakonu Pijarów Agnieszka Szmerek, udało się ustalić nazwisko jednej osoby świeckiej: pani Lachockiej, która była donatorką zakonu pijarów. Według przekazów mogą tu być pochowani Lubomirscy.

W przyszłości nisze nie będą otwierane, a ewentualne badania ograniczą się do wprowadzenia przez otwór kamery i udokumentowania znaleziska. „Do badań kiedyś w przyszłości będzie można wrócić. Współczesne tynki zostaną usunięte, a zabytkowe zakonserwowane i na tym poprzestaniemy” – mówił o. Tarnawski.

Specjaliści zauważają, że klasztor jest posadowiony na pozostałościach budynków średniowiecznych. W podziemiach zachowały się fragmenty murów, które można datować najpóźniej na połowę XIV wieku, a po północnej stronie prezbiterium odkryto średniowieczne i nieco późniejsze kanały, które powstały najpóźniej w XVI wieku i z chwilą budowy kościoła przestały pełnić swoją funkcję.

Prace w podziemiach kościoła oo. Pijarów mają na celu odsłonięcie odkrytych w 2013 r. XVIII-wiecznych malowideł, które przedstawiają sceny pasyjne. W arkadach są m. in. sceny Ukrzyżowania i Zdjęcia z krzyża. Nie wszystkie zostały odsłonięte, część jest poważnie uszkodzona.

Wśród zachowanych dekoracji są m.in. postacie aniołów, kartusze herbowe oraz na sklepieniu zarys tonda. Niewykluczone, że autorem dekoracji może być Franciszek Eckstein, który zajmował się wystrojem kościoła Przemienienia Pańskiego lub jego uczeń Andrzej Radwański.

Projekt "Perła polskiego baroku – rewaloryzacja nowo odkrytych, unikatowych polichromii w krypcie kościoła Pijarów w Krakowie" realizowany przez Polską Prowincję Zakonu Pijarów zakłada również odtworzenie historycznych galerii w Kolegium Pijarskim w celu udostępnienia zabytkowych wnętrz i poszerzenia działalności kulturalnej. Prace prowadzone w kościele przy ul. Pijarskiej mają łącznie kosztować ponad 20 mln zł. Pieniądze pochodzą z Programu Operacyjnego Infrastruktura i Środowisko 2014-2020 (13,6 mln), Społecznego Komitetu Odnowy Zabytków Krakowa (2,2 mln) i od Polskiej Prowincji Zakonu Pijarów (4,8 mln).