W 1948 r. wstąpił do zakonu dominikanów. Swą pracę doktorską na rzymskim Angelicum poświęcił grzechowi jako niesprawiedliwości i brakowi miłości. Od 1957 r. wykładał teologię dogmatyczną w dominikańskim ośrodku studiów Le Saulchoir w Paryżu, którego rektorem został w 1965 r. Trzy lata później został profesorem teologii fundamentalnej i nauk o religii w paryskim Instytucie Katolickim, a od 1988 r. był tam profesorem hermeneutyki i teologii religii. W 1996 r. został na trzy lata dyrektorem słynnej Francuskiej Szkoły Biblijnej i Archeologicznej w Jerozolimie. Od 1972 r. wykładał gościnnie na uniwersytetach Europy, Afryki i Ameryki Północnej. Należał do komitetu naukowego międzynarodowego przeglądu teologicznego „Concilium”.

Był autorem i współautorem licznych książek, z których ostatnia, wydana w 2012 r. nosiła tytuł „Le christianisme comme religion de l'Évangile” (Chrześcijaństwo jako religia Ewangelii).

Był promotorem stosowania hermeneutyki w teologii, gdyż, jak tłumaczył, „w każdej epoce swej historii teologia ma za zadanie czynić bardziej zrozumiałym i bardziej przemawiającym już uformowany język Objawienia”. Według o. Geffré wierność świadectwu Nowego Testamentu wymaga czegoś więcej niż powtarzania: nowej twórczości w służbie żywej wiary.

W latach 80. XX w. francuski teolog zajął się próbą interpretacji sensu pluralizmu religijnego, wskazując na konieczność wypracowania teologii pluralizmu religijnego. Starał się wyprowadzić teologię chrześcijańską z „kulturowej izolacji we współczesnym świecie”, przezwyciężając - w imię Ewangelii - „fałszywy rozziew” między wiarą i rozumem.