Im dalej było od październikowej odwilży roku 1956, tym coraz agresywniejsza wobec Kościoła stawała się postawa władz PRL. Kard. Stefan Wyszyński trzymał się raz wybranego "kursu": bronił Kościół przed wszelkimi niesprawiedliwościami komunistycznych rządców i konsekwentnie pracował na rzecz pogłębiania wiary oraz wierności Bogu, krzyżowi, Ewangelii i Kościołowi. Taka postawa była widoczna zarówno w jego działaniach, jak i w nauczaniu.

Podczas uroczystości odpustowych ku czci św. Wojciecha w Gnieźnie, 26 kwietnia, powiedział między innymi:

Ilekroć mówi się o rzeczywistości dzisiejszej Polski, pamiętamy, że najbardziej oczywiste jest to, co jest najbardziej trwałe i nieprzemijające. A najbardziej trwałe - jak pokazało tysiąclecie wieków - jest właśnie życie i obecność Kościoła w Ojczyźnie naszej. To jest dopiero rzeczywistość, to jest prawdziwa rzeczywistość, z którą trzeba się liczyć, którą należy dostrzec, docenić i uszanować jako nienaruszalne dziedzictwo Polski katolickiej.

"Dziś" Polski katolickiej to jest nie tylko obecność, ale i działanie Kościoła w Polsce. Przede wszystkim - jak wiemy z programu Wielkiej Nowenny - Kościół, który jest Kościołem ożywiającym i uświęcającym - postawił sobie jako zadanie naczelne obronę życia dusz i ciał. [...]

"Dziś" Polski katolickiej wyraża się i w tym, że Kościoł broni prawdy. [...] Dlatego Kościół katolicki, świadom wkładu pracy ewangelicznej w dzieje Narodu, stanowczo i bezwzględnie opiera się wszelkiej laicyzacji, czyli rozrywaniu ducha narodowego przez odzieranie go z pierwiastków i wartości religijnych. Dlatego również Kościół broni i przestrzega przed ateizacją, czyli bezbożnictwem.

Następnego dnia, wspólnie z bp. Zygmuntem Choromańskim, bp. Bronisławem Dąbrowskim i ks. Władysławem Padaczem, przygotował obszerny list protestacyjny do Rady Ministrów przeciw naruszeniu wolności sumienia. Jest to niezwykle ważny dokument, ale ze względu na jego objętość i charakter tego opracowania życia Prymasa Tysiąclecia ograniczymy się do jego omówienia.

We wstępie autorzy listu skarżą się premierowi Józefowi Cyrankiewiczowi, że do tej pory nie otrzymali odpowiedzi na poprzednie dwa listy w sprawie działalności Urzędu do Spraw Wyznań, czego jak wszyscy obywatele PRL mieli prawo oczekiwać. Jedynym echem tych skarg było zaostrzenie kursu administracji wyznaniowej przeciwko Kościołowi katolickiemu.

Stąd też, jak czytamy w dalszej części dokumentu, w takiej sytuacji biskupi Kościoła rzymskokatolickiego w Polsce, wobec narastającej fali prześladowań i mnożących się krzywd, w równej mierze płynących z ciężkiego naruszania zasad praworządności, jak i godzących w spokojną pracę religijno-moralną Kościoła, nie otrzymując nie tylko jakiegokolwiek zadośćuczynienia od władz nadrzędnych, do których się zwracają, lecz często nawet odpowiedzi na indywidualnie wnoszone skargi, nie mogą dłużej milczeć.

Po przypomnieniu, że konstytucyjna idea rozdziału Kościoła od państwa zakładała, iż Kościół uzyskuje w ten sposób swobodną i całkowitą wolność wykonywania swych funkcji religijnych, nie będąc w tym zakresie podporządkowany Państwu i jego organom, autorzy listu przeszli do wykazania konkretnych naruszeń ducha Konstytucji.

Podzielili je na cztery grupy:

1.Spiętrzanie trudności i ingerencję w wewnętrzne życie Kościoła (nauczanie religii, obsadzanie stanowisk kościelnych, budowa i remonty obiektów sakralnych, likwidacja kościelnych placówek wychowawczych i utrudnianie funkcjonowania seminariów, zakony);

2.Nękanie osób duchownych;

3.Niszczenie Kościoła za pomocą wysokich i niesprawiedliwych podatków;

4.Popieranie i finansowanie dywersyjnej działalności duchownych tzw. Kościoła narodowego.

Sprawy zawarte w punktach 1-3 były już wielokrotnie omawiane na tym miejscu. Do problemu Kościoła narodowego wrócimy za tydzień.