W późniejszych latach zmniejszyła się rola i oddziaływanie sanktuarium. Księża grecko-katoliccy, powodowani wzrostem wśród nich nastrojów nacjonalistycznych, przestali bywać na odpustach i nie zachęcali, swoich wiernych jak wcześniej, do udziału w nich. Kościół klasztorny nie robił wtedy najlepszego wrażenia, gdyż był ubogi i odarty ze wspaniałych, dawnych drogocennych ozdób.
Sanktuarium jednak nie rezygnowało ze swej roli. Od lat dziewięćdziesiątych XIX w. urządzano tu uroczyste nabożeństwa w rocznice narodowe, w których brało udział gromadnie społeczeństwo Sokala. W 1891 r. założono tu studium filozofii dla kleryków bernardyńskich.
Pierwsza wojna światowa przyniosła poważne zniszczenia w kościele i w całym sanktuarium, bowiem w lipcu 1915 r. front rosyjsko-austriacki zatrzymał się na dłużej na linii Bugu, a sanktuarium sokalskie znalazło się pod mocnym obstrzałem artyleryjskim.
Dopóki trwała wojna, nie można było podjąć dzieła odbudowy sanktuarium. A było ono zniszczone do tego stopnia, że przez pewien czas klasztor został zupełnie opuszczony przez zakonników. Powstał nawet pomysł, oczywiście niezrealizowany, aby zrujnowany klasztor rozebrać i wybudować nowy, znacznie mniejszy, dla potrzeb niewielkiej w tym czasie wspólnoty zakonnej. Odbudowa klasztoru szła bardzo opornie i przeciągnęła się aż do roku 1930. W latach 1929-1938 w pomieszczeniach klasztornych mieściło się gimnazjum dla młodzieży zakonnej, liczące w niektórych latach ponad 40 uczniów-kleryków. Ożywiło się wtedy zaniedbane przez szereg lat sanktuarium, nawiązując przynajmniej częściowo do dawnych lat świetności. Odpusty, chociaż nie były już tak liczne i barwne jak przed 1843 r., odbywały się w dawnych terminach i brali w nich udział wierni obu obrządków. Odzyskały również dawną prężność bractwa działające przy sanktuarium, takie jak: Trzeci Zakon św. Franciszka, Arcybractwo Niepokalanego Poczęcia Najświętszej Maryi Panny, Arcybractwo Szkaplerza Najświętszej Maryi Panny, Apostolstwo Modlitwy, Franciszkański Związek Misyjny i Pobożne Stowarzyszenie św. Antoniego.