Krucyfiks powstał w początkach XVI w. w nieznanym, zapewne niemieckim warsztacie. Drewniana rzeźba przedstawia Chrystusa tuż po zgonie, rozpiętego na krzyżu, z głową w koronie cierniowej, z biodrami przepasanymi perizonium. Naturalistyczny sposób ujęcia podkreśla polichromia oddająca karnację ciała, a także peruka z prawdziwych włosów. Tego rodzaju zabiegi były częste w późnym średniowieczu.

Dzieło trafiło do Warszawy w 2. ćw. XVI w. za sprawą rajcy miejskiego Jerzego Baryczki, który, wg przekazów, miał je przywieźć z Norymbergi lub Wrocławia. Umieszczone w najważniejszej świątyni miasta – archikatedrze św. Jana Chrzciciela – zmieniało kilka razy usytuowanie.

Początkowo krucyfiks wisiał w nawie, w pobliżu kruchty. Kiedy podczas huraganu w 1602 r. zawaliła się wieża, niszcząc sklepienia i część wyposażenia, wizerunek Chrystusa pozostał nienaruszony, co uznano za cud. Ocalony krzyż na polecenie Zygmunta III zawieszono w ołtarzu Oczyszczenia NMP, a w 1639 r. przeniesiono do ufundowanego przez rodzinę Baryczków ołtarza w kaplicy Wodyńskich. Po 1716 r. krucyfiks trafił na swoje docelowe miejsce, do kaplicy przy prezbiterium – wzniesionej staraniem Stanisława Kleinpoldta-Małopolskiego, sekretarza królewskiego – zwanej „Baryczkowską” wskutek wcześniejszych donacji.