W dziesięć lat po niszczycielskim pochodzie lisowczyków opactwo stało się ponownie obiektem grabieży i dewastacji, tym razem przez przebywające na terenie Dolnego Śląska zaciężne wojska Brandenburczyków i Sasów. 6 grudnia 1632r. oddziały zbrojne splądrowały zabudowania klasztorne i miejscowy kościół. W roku najazdu Brandenburczyków i Sasów ówczesny opat Walenty Ruling był zmuszony wraz z całym konwentem trzykrotnie opuszczać klasztor. Na mnichach wymuszono kontrybucję w wysokości wielu tysięcy talarów.
Rok 1633 w dziejach opactwa krzeszowskiego znany jest pod nazwą "roku szwedzkiego". Wojska Gustawa Adolfa po wkroczeniu do Niemiec w 1630 r. na Dolny Śląsk przybyły wiosną 1633r. Jeden z tych oddziałów pojawił się w Krzeszowie 4 czerwca tego roku. Jego pobyt okazał się w swych skutkach dla opactwa bardzo tragiczny. Przekazy z roku 1633 mówią o pożarze, który strawił więźbę dachową świątyni. Wojska szwedzkie, plądrując klasztor, wznieciły pożar na terenie klasztornej biblioteki. Pastwą żywiołu padły znajdujące się w niej cenne manuskrypty posiadające trzechsetletnie metryki. Z ogólnej pożogi zdołano uratować organy tutejszej świątyni opackiej oraz znajdujące się w klasztornym archiwum kroniki i dokumenty. Szkody poczynione przez pożar zostały naprawione w roku 1638.
30-letnim zmaganiom militarnym w Europie w latach 1618-1648 położył kres zawarty w roku 1648 pokój westfalski. Zapoczątkował on czas upragnionego pokoju dla umęczonych wieloletnią wojną narodów Europy. Natomiast lata odnowy religijnej i odbudowy gospodarczej opactwa krzeszowskiego miały nastąpić w roku 1660 po objęciu urzędu opata przez Bernarda Rossę (1624-1696).
Bernard Rossa był znany ze swej kontrreformacyjnej działalności. W roku 1667 zdecydował się na wydalenie 1240 mieszkańców wyznania ewangelickiego ze wsi klasztornej Przedwojów k. Kamiennej Góry. Na ich miejsce sprowadził osadników wyznania katolickiego z Czech, Łużyc i Brandenburgii. Rossa, przystępując do restytucji katolicyzmu wśród poddanych opactwa, zarządził misje. Opat w swej pracy ewangelizacyjnej nie ograniczył się jedynie do głoszenia płomiennych kazań, ale wraz dwoma współbraćmi kapłanami od marca do maja 1663r. podjął się trudu pielgrzymiego, przemierzając wsie należące do krzeszowskiego klasztoru.
Rossa, jako gorący czciciel św. Józefa, swe wysiłki ewangelizacyjne powierzył orędownictwu tego świętego. Z jego to inicjatywy przy krzeszowskim opactwie w roku 1669 powstało pierwsze na Śląsku bractwo św. Józefa. W księgach brackich natknąć się można nie tylko na nazwiska biskupów, kanoników, mnichów różnych zgromadzeń zakonnych, ale także na wybitnych przedstawicieli ówczesnego życia kulturalnego Śląska m.in. Michała Willmanna czy znanego śląskiego poety mistyka Angelusa Silesiusa. O żywotności bractwa świadczyła jego liczebność. Przy końcu XVIII stulecia liczba jego członków wynosiła ok. 100000 osób.
Dla ożywienia życia religijnego wśród wiernych opat zainicjował w roku 1663 pieszą pielgrzymkę z Krzeszowa do Barda Śląskiego. Wzięło w niej udział ponad 600 osób. Liczba jej uczestników z roku na rok stale wzrastała. Kroniki opactwa w roku 1671 odnotowały ponad 1000 pątników. Jednym z pielgrzymów wędrującym do wspomnianego sanktuarium był sam opat.
Do kaplicy pw. św. Anny, gruntownie odbudowanej w 1686r. w czasach rządów Rossy, położonej na Krzeszowskich Wzgórzach, co roku w dniu św. Anny (święta patronalnego) z Krzeszowa wyruszała procesyjna pielgrzymka jej czcicieli.
Opat, chcąc zaspokoić potrzeby duchowe turystów, zlecił wykonanie w krzeszowskim klasztorze ołtarza dla wznoszonej na Śnieżce kaplicy. Wybudowana na najwyższym szczycie Karkonoszy została poświęcona przez samego opata 10 sierpnia 1681r.
W zapale pracy misyjnej opat nie zapomniał o potrzebie wznoszenia nowych świątyń. W ciągu 36 lat sprawowania swego urzędu na terenie posiadłości klasztornych erygował 20 kościołów.
Przywiązywał także wielką wagę do gruntownego wykształcenia młodego pokolenia. W roku 1669 założył w krzeszowskim klasztorze trzyletnią szkołę łacińską, którą następnie w roku 1695 przekształcił w gimnazjum humanistyczne. Dbał również o jak najlepsze wykształcenie swoich współbraci. Doceniając znaczenie studiów teologicznych, za zgodą generalnego przełożonego zgromadzenia zorganizował w krzeszowskim klasztorze w roku 1667 Studium Teologiczne. Była to jedyna tego typu uczelnia na Śląsku. W jej murach pogłębiali swoją wiedzę teologiczną cystersi ze wszystkich śląskich konwentów.
O szerokich zainteresowaniach artystycznych Bernarda Rossy mógł świadczyć fakt, że do prac malarskich wystroju wewnętrznego nowo wzniesionego kościoła pw. św. Józefa na terenie krzeszowskiego opactwa zatrudnił wybitnego malarza Michała Willmanna. Przebywał on w krzeszowskim klasztorze w latach 1678-1696. Ten "śląski Rembrandt" cały swój kunszt artystyczny zawarł we freskach umieszczonych na stropie i ścianach nowo wzniesionego kościoła pw. św. Józefa w Krzeszowie budzących do dziś podziw wśród turystów i pielgrzymów.
Inną wybitną indywidualnością artystyczną przebywającą w owym czasie w opactwie był Johann Scheffler, znany bardziej pod łacińskim pseudonimem Angelus Silesius. Ten znakomity mistrz pióra i konwertyta ewangelicki był autorem wielu wzniosłych poetyckich utworów tchnących wielką mistyką. Za pióro chwytał często sam opat Rossa. W zasobach Biblioteki Uniwersyteckiej we Wrocławiu można znaleźć jego drukowane prace poświęcone umiłowanej przez niego postaci św. Józefa.
O zainteresowaniach bibliofilskich wspomnianego opata świadczyć mógł fakt, że nie skąpił on środków finansowych na powiększenie zasobu klasztornego księgozbioru. Jego następcy ustawicznie powiększali zasoby miejscowej książnicy. W chwili kasacji opactwa biblioteka klasztorna liczyła ok. 13000 tomów. Większa jej część została przekazana tworzącej się Bibliotece Uniwersyteckiej we Wrocławiu.

cdn.