Po wojnie 13-letniej Lisewo przeszło na własność królów polskich i do 1772 r. należało do starostwa lipienieckiego.
Kościół prawdopodobnie od początku swojego istnienia nosił tytuł Podwyższenia Krzyża Świętego. Został zbudowany na przełomie XIII i XIV w. W latach 1551-85 została dobudowana zachodnia część korpusu wraz z wieżą z fundacji Stanisława Kostki, wojewody chełmińskiego i starosty lipieńskiego, oraz jego syna Jana, kasztelana gdańskiego. W 1655 r. kościół został uszkodzony przez Szwedów.
Jest to kościół gotycki, z wieżą gotycko-renesansową. Główne wyposażenie jest barokowe i rokokowe. Tworzą je: rokokowy ołtarz główny z drugiej połowy XVIII w., który pochodzi z kościoła pofranciszkańskiego w Chełmnie, z obrazem św. Wojciecha z 1842 r. oraz dwa barokowe ołtarze boczne z kręconymi kolumienkami, pochodzące z ok. 1700 r.
W jednym z ołtarzy, po prawej stronie, znajduje się obraz Matki Bożej z Dzieciątkiem noszący imię Matki Bożej Lisewskiej. Obraz ten, pochodzący z połowy XVII w., jest namalowany na wzór wizerunku Matki Bożej Śnieżnej (Salus Populi Romani - "Wybawienie ludu rzymskiego"), z rzymskiej Bazyliki Santa Maria Maggiore. Według legendy w Rzymie, tam, gdzie miał stanąć kościół, mimo upalnego lata (był sierpień) spadł śnieg. Obraz ten, obok wizerunku Matki Bożej Częstochowskiej, przez długie lata był przez synody biskupów polskich polecany jako wzór twórczości artystycznej, gdyż odpowiadał ówczesnym wymogom sztuki sakralnej.
Matka Najświętsza ma na obrazie wzrok skierowany w kierunku kościoła. Na lewym przedramieniu trzyma Dzieciątko, a prawą ręką podtrzymuje Jego nóżki. Dłoń Jej zwrócona jest ku dołowi, palce zaś ułożone w literę V. Jezus ma kręcone włosy, lewe ucho odsłonięte, wzrok skierowany na oblicze Najświętszej Maryi Panny. Prawa rączka jest lekko uniesiona, z palcami także rozwartymi w kształcie litery V, lewa rączka trzyma książkę. Nóżki Dzieciątka są skrzyżowane, stopy - bose. Wizerunek Najświętszej Maryi Panny, jak i Dzieciątko pokryte są srebrną, częściowo pozłacaną sukienką, a ich głowy zdobią korony. Obraz ten zasłonięty jest obrazem Matki Bożej Wniebowziętej, który pochodzi z tego samego okresu, co obraz Matki Bożej Lisewskiej.
Dzięki staraniom obecnego proboszcza ks. Gerarda Gromowskiego, od 1989 r. nastąpiło ożywienie kultu Matki Bożej Lisewskiej. Ma on charakter lokalny, jednakże z racji miejscowego odpustu (14 września) ściąga wielu czcicieli Matki Bożej Lisewskiej, także spoza okolic Lisewa. Świadczą o tym liczne wota znajdujące się z prawej strony ołtarza. O każdej porze roku na środową nowennę przychodzi bardzo wiele osób: dorosłych i dzieci. Msze św. w dni powszednie sprawowane są o godz. 17.30 i 18.00, natomiast w niedziele i święta o godz. 8.00, 9.30, 11.05, 15.00.
Na zakończenie nowenny, gdy obraz Matki Bożej Lisewskiej jest zasłaniany, wierni śpiewają:
Maryjo, przed Twym obrazem
Może już ostatnim razem
Może Cię już nie zobaczę
Pozwól, niech się dziś wypłaczę
Miłosierna słodka Pani,
Serce moje daję w dani
Rozum, wolę, duszę, ciało
Weź w opiekę Swą wspaniałą
Żegnam Cię, Matko, serdecznie
U Twego Tronu w Lisewie
Zawsze będę kochał Ciebie
Tu, na ziemi, potem w niebie

Wkrótce nakładem Toruńskiego Wydawnictwa Diecezjalnego ukaże się książka "Sanktuaria Maryjne Diecezji Toruńskiej", z której pochodzi niniejsze opracowanie.