Książka składa się z sześciu rozdziałów. Pierwszy: „Propozycje na Sobór i pierwsze debaty” zawiera list do komisji przygotowującej obrady oraz trzy wypowiedzi związane z pierwszą sesją, dotyczące schematów o liturgii, o Objawieniu i o środkach społecznego przekazu. W drugim rozdziale „Odkrywając tajemnicę Kościoła” zamieszczono sześć wypowiedzi odnoszących się do schematu o Kościele a także dwie na temat apostolstwa świeckich oraz życia i posługi kapłanów. Trzeci rozdział „Wolność religijna” przedstawia sześć wypowiedzi związanych z problematyką wolności sumienia i wyznania. W czwartym rozdziale „Kościół i świat” zgromadzono siedem wypowiedzi dotyczących konstytucji o Kościele w świecie współczesnym. Piąty rozdział „Dialog i współpraca Kościoła ze światem” zawiera tzw. projekt krakowski schematu XIII, który Wojtyła przedstawił podczas trzeciej sesji jesienią 1964 r. W tym rozdziale zamieszczono także niepublikowany wcześniej tekst o stosunku Kościoła do ateizmu, który metropolita krakowski dołączył do projektu krakowskiego w lutym 1965 r. na spotkaniu komisji soborowej w Ariccia pod Rzymem. Szósty rozdział „Z warsztatu pracy nad schematem XIII” zawiera jedenaście niepublikowanych dotąd pism powstałych w ramach pracy Wojtyły w komisji przygotowującej konstytucję „Gaudium et spes”. W Aneksie zamieszczono teksty w językach oryginalnych, tj. w języku łacińskim a także dwa w języku francuskim. Publikację otwiera słowo wstępne abpa Szczepana Wesołego, który podczas Soboru pracował w biurze prasowym. W publikacji zamieszczono również wprowadzenie teologiczno-historyczne oraz bibliografię dotyczącą tematyki Soboru Watykańskiego II w nauczaniu Karola Wojtyły – Jana Pawła II.

Warto zaznaczyć, że publikacja „Vaticanum II: czas twórczego myślenia” stanowi część „tryptyku” pism soborowych Karola Wojtyły. Oprócz tego tomu, Fundacja Jana Pawła II (Ośrodek Dokumentacji i Studium Pontyfikatu w Rzymie) wydała jeszcze dwie książki: „Odnowa Kościoła i świata Refleksje soborowe”, zawierająca pisma pastoralne z lat 1962-1966 oraz „Kościół w tajemnicy odkupienia. Interpretacja Vaticanum II” będąca zbiorem tekstów naukowych z okresu 1965-1977. Autorem opracowania tych trzech publikacji jest ks. Andrzej Dobrzyński. Książki można nabyć w Wydawnictwie św. Stanisława BM w Krakowie.

Wspomniane publikacje ukazują znaczenie Soboru Watykańskiego II w życiu i nauczaniu Karola Wojtyły. Jan Paweł II przez lata swojego pontyfikatu realizował wskazania Vaticanum II w życiu Kościoła. Bez wątpienia można powiedzieć, że był wielkim nauczycielem i realizatorem Soboru Watykańskiego II.