„Umiłowani bracia i siostry, powierzmy Bożemu miłosierdziu duszę naszego papieża Franciszka, biskupa Kościoła katolickiego, który utwierdził naszych braci i siostry w wierze w zmartwychwstanie. Módlmy się do Boga Ojca przez Jezusa Chrystusa w Duchu Świętym, aby ocalił go od śmierci i przyjął go do wiekuistego pokoju, a Jego ciało wskrzesił w dniu ostatecznym. Niech Najświętsza Maryja Panna, Królowa Apostołów i Ocalenie ludu rzymskiego, wstawia się u Boga, aby ukazała naszemu Papieżowi oblicze swego błogosławionego Syna i pocieszyła Kościół światłem Jego zmartwychwstania” - wezwał dziekan Kolegium Kardynalskiego kard. Giovanni Battista Re.

Rozpoczęła się Modlitwa Kościoła Rzymskiego, żegnającego swego biskupa. Odśpiewano litanię do Wszystkich Świętych, po czym modlił się wikariusz generalny Jego Świątobliwości dla diecezji rzymskiej kard. Baldassare Reina powiedział: „Boże, który dajesz sprawiedliwą zapłatę pracownikom Ewangelii, przyjmij do swego królestwa swego sługę i naszego biskupa, papieża Franciszka, którego ustanowiłeś następcą Piotra i pasterzem Twojego Kościoła, i daj mu radość wiecznego podziwiania tajemnic łaski i miłosierdzia, które na ziemi wiernie rozdzielał Twojemu ludowi”.

Zaraz potem nastąpiła Modlitwa Kościołów wschodnich. Patriarchowie, arcybiskupi więksi i metropolici stojący na czele katolickich Kościołów wschodnich „sui iuris” podeszli do trumny, zwróceni twarzą do ołtarza. Gdy patriarcha melchicki Józef Absi okadzał trumnę z ciałem papieża, chór śpiewał po grecku: „Boże Zbawicielu, daj odpoczynek duszy Sługi Twego wraz z duszami sprawiedliwych, doprowadź ją do błogiego życia z Tobą, miłośnikiem ludzi. Zaprowadź do miejsca Twego spoczynku, Panie, gdzie spoczywają Twoi Święci, także duszę Twego Sługi, bo tylko Ty jesteś nieśmiertelny. Chwała Ojcu i Synowi, i Duchowi Świętemu. Ty jesteś naszym Bogiem, który zstąpiłeś do piekieł i wyzwoliłeś jeńców z niewoli; daj odpoczynek także duszy Twojego Sługi, Zbawicielu. Teraz i zawsze i na wieki wieków. Amen. Najświętsza Maryjo Panno czysta i niepokalana, która bez nasienia ludzkiego poczęłaś Boga, wstaw się, aby dusza Twojego sługi była zbawiona. Zmiłuj się nad nami, Boże, według wielkiego miłosierdzia Twego; prosimy Cię, wysłuchaj nas i zmiłuj się. Panie zmiłuj się”.

Po wezwaniu do modlitwy „o spokój duszy tego zmarłego sługi Bożego Franciszka, biskupa, o przebaczenie wszystkich jego grzechów i przewinień”, chór odpowiedział trzykrotnym: „Panie, zmiłuj się”. A po wezwaniu: „Niech Pan Bóg prowadzi jego duszę tam, gdzie spoczywają sprawiedliwi. Prośmy o miłosierdzie Boże, królestwo niebieskie i odpuszczenie grzechów przez Chrystusa, nieśmiertelnego Króla i Pana naszego”, chór odpowiedział: „Wysłuchaj nas, Panie”.

Patriarcha melchicki wypowiedział modlitwę: „Boże dusz i wszelkiego ciała, który pokonałeś śmierć, obaliłeś diabła i dałeś życie światu, daj swój odpoczynek duszy Twego zmarłego sługi Franciszka, biskupa, w miejscu światłości i radości, w miejscu szczęścia, gdzie nie ma już cierpienia, bólu i płaczu. Przebacz mu każdy grzech, słowem, czynem czy myślą, bo Ty jesteś Bogiem dobrym i przyjacielem ludzi, nie ma bowiem człowieka, który by żył a nie zgrzeszył, bo tylko Ty jesteś bez grzechu, Twoja sprawiedliwość jest sprawiedliwością na wieki, a Twoje słowo jest prawdą. Ty bowiem jesteś zmartwychwstaniem, życiem i odpocznieniem zmarłego sługi Twego Franciszka Biskupa, Chryste, Boże nasz, i Tobie oddajemy chwałę wraz z Twoim Ojcem i Twoim Świętym, miłosiernym i życiodajnym Duchem, teraz i zawsze, i na wieki wieków. Amen. Drogi bracie, niech Twoja pamięć trwa na wieki. Amen”. W kilku językach wyśpiewał również prawdę o zmartwychwstaniu Chrystusa, który śmiercią swą zwyciężył śmierć, a nam darował życie.

Kard. Re skropił trumnę wodą święconą i okadził ją. Schola na przemian z wiernymi śpiewała: „Ja wiem, wybawca mój żyje i pewnego dnia powstanę z martwych - ciałem swym Boga zbawcę zobaczę. Moje oczy otworzą się na Jego światło, i na niego skieruję swe spojrzenie - ciałem swym Boga zbawcę zobaczę. Niech ta nadzieja ożywia me serce - ciałem swym Boga zbawcę zobaczę”.

Dziekan Kolegium Kardynalskiego odmówił końcową modlitwę: „Najłaskawszy Ojcze, polecamy Twojemu miłosierdziu naszego papieża Franciszka, którego ustanowiłeś Następcą Piotra i Pasterzem Kościoła, nieustraszonym głosicielem Twojego Słowa i wiernym szafarzem Bożych tajemnic. Przyjmij go, do swojego niebiańskiego mieszkania, aby cieszył się wieczną chwałą ze wszystkimi wybranymi. Dziękujemy Ci, Panie, za wszystkie błogosławieństwa, którymi w swojej dobroci obdarzyłeś go dla dobra Twojego ludu. Daj nam pociechę wiary i siłę nadziei. Tobie, Ojcze, źródło życia, przez Chrystusa, zwycięzcę śmierci, w życiodajnym Duchu, niech będzie wszelka cześć i chwała na wieki wieków”.

Zabrzmiała antyfona „Niech aniołowie zawiodą cię do raju, a gdy tam przybędziesz, niech przyjmą cię męczennicy i wprowadzą cię do krainy życia wiecznego. Chóry anielskie niechaj cię podejmą i z Chrystusem zmartwychwstałym miej radość wieczną”.