Modlitwa w intencji papieża towarzyszyła już przygotowaniom do pielgrzymki i odbywającym się we wszystkich parafiach tego kraju rekolekcjom. Przybliżano w ich trakcie osobę, życie i nauczanie Ojca Świętego a także kluczowe wydarzenia jego pontyfikatu.

Szczególna modlitwa - przez cały czas trwania tej najdłuższej pielgrzymki pontyfikatu - trwać będzie w kontemplacyjnym klasztorze w Ruteng, na indonezyjskiej wyspie Flores. Mieszkające w nim mniszki ze zgromadzenia Służebnic Ducha Świętego od Wieczystej Adoracji są dowodem owocności misji w Indonezji ciesząc się wieloma powołaniami i dzieląc siostrami, które stają się zaczynem modlitewnej misji na innych kontynentach, m.in. w Polsce. Na zaproszenie indonezyjskich biskupów siostry będą prowadzić nieustanną adorację Najświętszego Sakramentu w intencji papieskiej podróży. Siostry podkreślają: „świat jest w naszym sercu: w modlitwie i poprzez modlitwę jesteśmy misjonarzami w świecie”.

Do tej nieustannej modlitwy dołączają mniszki karmelitańskie z klasztoru na Jawie Zachodniej. Nie będą one mogły uczestniczyć w spotkaniach z Ojcem Świętym zatrzymają się więc na kontemplacji pewne, że „spotkają papieża i będą blisko niego w duchowej komunii, oddając chwałę Bogu za jego obecność jako apostoła Ewangelii na indonezyjskiej ziemi i wspierając modlitwą jego misję na Wschodzie”.

Modlitwa za Ojca Świętego trwa też w benedyktyńskim klasztorze w zachodniej części wyspy Timor, na terenie diecezji Kupang. W czasie papieskiej podróży będą się tam odbywać spotkania osób, które nie mogąc osobiście uczestniczyć w pielgrzymce będą się modlić o powodzenie wizyty papieża, „aby przesłanie Ewangelii i dar braterstwa, który przynosi, rozkwitły i przyniosły owoce w Indonezji oraz całej Azji i Oceanii”.