Wprowadzenie istotnych zmian ustawowych dotyczących działających w Polsce Kościołów, w tym ewentualnego zastąpienia Funduszu Kościelnego innymi rozwiązaniami - w świetle obowiązującego prawa powinno zostać dokonane na podstawie umów zawartych wcześniej przez rząd z Kościołem katolickim oraz innymi związkami wyznaniowymi. Wynika to z zapisów Konkordatu i Konstytucji RP jak i ustaw regulujących relacje z Kościołem prawosławnym oraz innymi wyznaniami.
Likwidacja Funduszu Kościelnego i potrzeba zastąpienia go innymi rozwiązaniami była zapowiadana przez największe partie opozycyjne w ubiegłorocznej kampanii wyborczej. Na konferencji prasowej 9 stycznia br. Donald Tusk stwierdził, że zdaje sobie sprawę z konsekwencji prawnych wynikających z zapisów Konkordatu i Konstytucji. Poinformował, że decyzje o Funduszu Kościelnym, podobnie jak o lekcjach religii w szkołach, tam, gdzie wymagają tego przepisy, będą konsultowane ze stroną kościelną. - Od tego jest komisja wspólna - zastrzegł.