Pod koniec 1967 r. w działaniach komunistycznych władz Polski można było odczytać kolejną akcję przeciwko Kościołowi. Co prawda, właśnie w tym okresie, po wielu latach starań i w siedem lat po słynnych demonstracjach, zostało udzielone pozwolenie na budowę świątyni w Nowej Hucie. Komuniści ponieśli porażkę w tak bardzo prestiżowej sprawie. Można i trzeba się pytać: dlaczego? Czyżby ulegli prośbom wierzących ludzi mieszkających w tym mieście bez świątyni? Oczywiście, że władze peerelowskiej Polski niewiele przejmowały się potrzebami katolików i nie zważały ani na prośby, ani na protesty. Dlaczego zatem odeszły od swojej linii w tak spektakularnej sprawie? Odpowiedź jest prosta, jeśli połączy się dwa fakty, które już znamy. Pierwszy - to zamierzona polityka przeciwstawiania sobie kardynałów Stefana Wyszyńskiego i Karola Wojtyły. Drugi fakt - Nowa Huta należy do archidiecezji krakowskiej. Jeśli zatem problemem Księdza Prymasa są pozwolenia na budowę kościołów, to dla przeciwwagi Metropolita Krakowski takich kłopotów mieć nie powinien.
Innymi działaniami rządu podjętymi w tym okresie były rozmowy z przełożonymi zakonów działających na terenie Polski, podczas których próbowano namówić ich do wypowiedzenia się przeciwko biskupom w sprawie wizytowania seminariów duchownych. Kolejnym krokiem było zaktywizowanie księży patriotów, którzy od kilku już lat pozostawali w cieniu. Był to niewątpliwy znak zaostrzenia kursu przeciwko Kościołowi. Wreszcie można było zauważyć przygotowanie bardzo poważnej akcji przeciwko katechizacji. Znakami ją zapowiadającymi były z jednej strony inwigilacja punktów katechetycznych przez Służby Bezpieczeństwa, z drugiej zaś sporządzanie wykazów dzieci uczęszczających na katechizację i spisywaniu miejsc pracy ich rodziców.
W dniach 25 i 26 listopada kard. Stefan Wyszyński wziął udział w obchodach 400-lecia założenia Wyższego Seminarium Duchownego w Braniewie, które kontynuowało swoją działalność w Olsztynie jako seminarium diecezji warmińskiej. W czasie tych uroczystości powiedział między innymi:
Seminaria duchowne mają specjalny, odrębny charakter, nie nadający się zastąpić żadnym innym wychowaniem. Jest to misterium kapłaństwa, misterium wiary i nadprzyrodzonej jedności. Wszystko tu dzieje się przez wiarę i miłość (...)
Wnikając w dzieje Seminarium Duchownego na Warmii, widzimy, że umiało ono połączyć wartości religijne z wartościami rodzinnymi, ojczystymi. (...) W trudnych warunkach, w ówczesnym morzu protestantyzmu, wśród zmagających się niekiedy i ścierających różnic językowych i kulturowych, pracowano nad dziełem uświęcenia Ludu Bożego na Warmii i nad pogłębieniem wspólnoty z całą Polską chrześcijańską. Najlepszym dowodem łączenia wartości religijnych i narodowych jest historia Seminarium warmińskiego.
W dalszej części wypowiedzi Ksiądz Prymas odwołał się także do historii innych seminariów duchownych w Polsce:
Pozostałe seminaria duchowne w Polsce miały przeróżne, bolesne niekiedy dzieje. Wspomnę przynajmniej fragment dziejów seminariów duchownych z czasów niewoli. Mimo najrozmaitszych prób zaborców - Rosji, Austrii i Niemiec - aby wychowanie w seminariach duchownych poddać wpływom politycznym dla celów najeźdźczych, nie osiągnięto żadnych rezultatów. Okazało się, że profesorowie, jak i młodzież potrafili obronić się przed takimi pokusami. Seminaria polskie, mimo niesłychanie trudnych warunków, były ośrodkami obrony przeciw germanizacji i rusyfikacji.
Źródło podkreślenia tych faktów podczas obchodów uroczystości 400-lecia Seminarium warmińskiego jest niezwykle jasne. Od kilku lat władze polskie próbowały w rozmaity sposób wpłynąć na formowanie przyszłych kapłanów. Pod pozorem konieczności kształtowania w nich ducha odpowiedzialności za Polskę, oczywiście ludową - a ściślej komunistyczną, chciały indoktrynować kleryków. Analogie są aż nadto czytelne. Prymas Tysiąclecia raz jeszcze podkreślił potrzebę obrony seminariów przez wszystkich wierzących, konieczność zachowania ich niezależności od czynników zewnętrznych, zwłaszcza politycznych, i dodaje jednocześnie ducha tym, którzy stają na straży seminariów. W tej wypowiedzi przebija także przekonanie, że władzom Polski nie uda się zwyciężyć niezależności seminariów, jak to nie udało się wcześniej zaborcom.