Pierwsza część obchodów odbyła się w toruńskim kościele akademickim Ojców Jezuitów. Koncelebrowanej Mszy św. przewodniczył i homilię wygłosił ks. kan. Leon Ulatowski, proboszcz parafii Matki Bożej Łaskawej w Toruniu-Czerniewicach. Kapłan ten spotkał osobiście Księdza Jerzego w kościele Polskich Braci Męczenników w Bydgoszczy, gdzie w dniu porwania i zabójstwa sprawował swoją ostatnią Mszę św.
Organizatorami rocznicowej uroczystości byli ojcowie jezuici oraz Społeczny Komitet Upamiętnienia Męczeństwa Księdza Jerzego. Podczas Mszy św. modlono się w intencji Ojczyzny, rychłej beatyfikacji Księdza Jerzego oraz w intencji Ojca Świętego, prosząc szczególnie, by nauka, którą głosi, owocowała w życiu ludzi. Pamiętano także o zbliżających się wyborach samorządowych, modląc się, by Polacy wybrali ludzi, którzy nie będą zabiegać o własne interesy i interesy swoich partii, lecz będą służyć społeczności lokalnej.
Pod koniec Eucharystii aktorka Teatru im. Wilama Horzycy w Toruniu, Zofia Melechówna, przedstawiła fragmenty poezji poświęcone Męczennikowi naszych czasów i jego matce. Z kolei Katarzyna Soborak dała świadectwo o swojej pracy wspólnie z Księdzem Jerzym i jego szerzącym się kulcie. Dzisiaj Pani Katarzyna pracuje w Kościelnej Służbie Informacyjnej u grobu Sługi Bożego na warszawskim Żoliborzu. Jest także notariuszem w prowadzonym procesie beatyfikacyjnym.
Druga część uroczystości rozpoczęła się od uroczystego przejścia z kościoła akademickiego do pomnika przy hotelu "Kosmos". Podczas drogi alumni Wyższego Seminarium Duchownego w Toruniu poprowadzili modlitwę różańcową przeplataną rozważaniami przygotowanymi przez przedstawicieli komitetu "Porozumienie Toruńskie - Szansa dla Torunia". Przed hotelem "Kosmos", w historycznym miejscu, gdzie Księdzu Jerzemu na kilka chwil udało się uwolnić z rąk oprawców, znajduje się pomnik poświęcony w 1990 r. przez ówczesnego pasterza diecezji chełmińskiej - bp. Mariana Przykuckiego. Przy pomniku złożono wieńce i kwiaty, zapalono znicze. Ks. kan. Leon Ulatowski poprowadził modlitwę o rychłą beatyfikację sługi Bożego ks. Jerzego Popiełuszki.
W uroczystości uczestniczyli przedstawiciele władz miasta, kandydaci na prezydenta Torunia i radnych miasta z ugrupowań prawicowych, przedstawiciele Zarządu Regionu Toruńskiego NSZZ Solidarność, alumni WSD w Toruniu, drużyny harcerskie działające w oparciu o tradycje harcerstwa polskiego, schola parafii Opatrzności Bożej w Toruniu pod kierunkiem Danuty Zając, poczty sztandarowe i przedstawiciele Komisji Zakładowych NSZZ Solidarność toruńskich zakładów pracy.
Na zakończenie odśpiewano Boże, coś Polskę.