Wśród otrzymanych dóbr znalazła się m.in. kolekcja znaczków i kartek pocztowych czy bombka na choinkę z papieskiego apartamentu. Wśród najważniejszych programów zrealizowanych w 2021 r. pojawiły się m.in.: uruchomienie aplikacji do zwiedzania muzeum w j. migowym, publikacja książki abp. Marka Jędraszewskiego „Rzym Świętego Jana Pawła Wielkiego” oraz organizacja wystawy czasowej „Przebaczam” na 40. rocznicę zamachu na Ojca Świętego i koncertu w kościele św. Piotra Apostoła w Wadowicach „Modlę się i przebaczam”, którego transmisję w TVP obejrzało 1,6 mln widzów.

W ramach podsumowania działalności muzeum wykazało, że w ubiegłym roku wystawy czasowe zobaczyło 223 tys. osób, ekspozycje stałe 116 tys., natomiast wirtualnie muzeum odwiedziło 17 tys. użytkowników. Wszystkie projekty realizowane wspólnie z Telewizją Polską zobaczyło ponad 4,4 mln widzów.