Parafia św. Andrzeja Boboli w Gorlicach została erygowana przez bp. Jerzego Ablewicza, ordynariusza diecezji tarnowskiej, 1 sierpnia 1983 r. Na terenie parafii powstała najpierw tymczasowa kaplica, która służyła wiernym do czasu wybudowania kościoła. Budowa tej właściwej świątyni rozpoczęła się w 1990 r. Na płycie wznoszonego kościoła 15 września 1991 r. bp Józef Życiński odprawił Mszę św. i wmurował kamień węgielny. W roku 1998, 3 maja w nowo wybudowanej świątyni zaczęto odprawiać Msze św., a 11 października 1998 r. została ona poświęcona przez bp. Kazimierza Górnego - ordynariusza diecezji rzeszowskiej.
Parafia może poszczycić się również Golgotą, którą tworzą kaplice i figury, nawiązujące do męki Zbawiciela oraz figurą Chrystusa Zmartwychwstałego.
Patronem parafii jest św. Andrzej Bobola. Jego relikwie zostały sprowadzone na zakończenie misji św. w 1986 r. Umieszczone zostały najpierw w kaplicy, a z czasem przeniesione do nowo wybudowanego kościoła. 16. dnia każdego miesiąca odprawiane jest nabożeństwo ku jego czci.
Jednak nie dokonania materialne są najważniejsze, ważniejszy jest duch, który budowany jest przez liczny udział w Mszach św., nabożeństwach, korzystanie z sakramentów św. Tym, co wyróżnia parafię, są Drogi Krzyżowe na Gorlicką Golgotę, kolędowanie ekumeniczne i nabożeństwa fatimskie.
Obecnie parafia liczy 25 lat. Od 11 maja, przez tydzień, jezuici - ks. Zbigniew Górecki i ks. Marian Kozina - przez renowację misji świętych, przygotowywali wiernych do uroczystości jubileuszowych, połączonych z odpustem parafialnym ku czci św. Andrzeja Boboli. Odbyły się one w niedzielę 18 maja 2008 r. Punktem centralnym była Msza św. koncelebrowana przez 20 kapłanów pod przewodnictwem bp. Kazimierza Górnego. Wzięli w niej udział przedstawiciele władz powiatowych, miejskich, gminnych, zaproszone duchowieństwo i licznie zgromadzeni parafianie.
Na początku liturgii, po krótkich słowach powitania przez proboszcza ks. Andrzeja Muchę i przedstawiciela młodzieży, przedstawiony został rys historyczny parafii.
W Słowie Bożym skierowanym do wiernych Ksiądz Biskup uwielbiał Boga w Trójcy Świętej za dzieło materialne, jak również duchowe, dokonane w sercach ludzi. „ Gdyby te ściany mogły przemówić, to ujrzelibyśmy niebo otwarte nad tą świątynią”. Wspomniał, jak wiele cudów dokonuje się w tej świątyni, jak wiele przemiany ludzkich serc; i największy cud dokonujący się na ołtarzu - konsekracja. Ukazał rolę Ojca, Syna i Ducha Świętego w życiu każdego człowieka, od poczęcia, aż do śmierci. W swoim wystąpieniu nawiązał do życia Ojca Świętego Jana Pawła II, św. Franciszka czy też patrona naszej parafii - św. Andrzeja Boboli. Ukazał, kim w ich życiu był Trójjedyny Bóg. Wezwał zgromadzonych wiernych do podobnych postaw. Mówił: „Bądźcie świadkami Pana, nie lękajcie się. Bądźcie świadkami Pana również dzisiaj, kiedy tyle różnych zawirowań w świecie. (…) Myślenie ziemskie jest nam dozowane przez media i różnych ludzi, ale nam towarzyszy myślenie Ewangelii”. W dalszej części homilii Ksiądz Biskup wspomniał o wielkim wkładzie ks. prał. Andrzeja Muchy i parafian w tworzenie parafii i budowę dzieła materialnego. Zachęcił wszystkich do świadczenia miłością i dobrocią, a czasem i cierpieniem o tym, że jesteśmy świątynią Ducha Świętego - najcenniejszym Kościołem. Słowa kierowane do wszystkich zgromadzonych zakończył prośbą: „Bądźcie wierni aż do końca”.
Rozpoczęła się droga do kolejnych jubileuszy. Droga budowana tym, do czego zachęcał Ksiądz Biskup w homilii, droga przez modlitwę, sakramenty, uczynki miłości i wierność Trójcy Świętej do końca na wzór patrona parafii - św. Andrzeja Boboli.