W kościele Ojców Franciszkanów w Przemyślu znajduje się osiem bocznych ołtarzy. W dawnych czasach budowa tylu ołtarzy wynikała z konieczności odprawiania Mszy św. tylko rano, a także z przepisów liturgicznych, według których tylko jeden ksiądz może być przy jednym ołtarzu. W dużych miastach, a szczególnie w katedrach bogate szlacheckie rody budowały dla swoich krewnych kaplice, by w nich uczestniczyć w Mszach św.
W klasztorze Ojców Franciszkanów w Przemyślu, zawsze było kilku ojców, najmniej czterech. Stąd też o. Grzegorz Ostrowski, budowniczy obecnego kościoła, wystawił w nim 10 bocznych ołtarzy.
O. Alojzy Karwacki w swej kronice z początku wieku opisując kościół i klasztor (T. II. s. 262) tak mówi o ołtarzach: „Ołtarz Matki Bożej Częstochowskiej. Pod tęczą kościoła po stronie Ewangelii. Obraz płasko rzeźbiony, a na zasuwie obraz św. Franciszka. Ołtarz drewniany, na dębowo malowany i złocony, ma dwa filary i dwie figury.
Ołtarz Matki Bożej Bolesnej. W bocznej nawie po stronie Ewangelii.
Obraz Zdjęcia z Krzyża, a na zasuwie obraz nowy Najświętszego Serca Jezusa. Wotów wisi 135. W wyższej kondygnacji obrazek Matki Bożej Nieustającej Pomocy. Dwa filary i dwie figury.
Ołtarz św. Józefa. Pod boczną ścianą w tej samej nawie bocznej. Ołtarz fornirowany z metalowymi ozdobami. Obraz zwykły 7 wotów. Dwie figury.
Ołtarz św. Antoniego. 44 wotów srebrnych. Na zasuwie obraz św. Rodziny. Dwie kolumny i dwie figury.
Ołtarz Pana Jezusa «Ecce Homo». Obraz niewielki. Cierniowa korona i niektóre szczegóły srebrne, jako też i rama srebrna.
Ołtarz św. Anny. Naprzeciw ołtarza św. Józefa. Podobny do tamtego. Obraz zwykły.
Ołtarz św. Wincentego męczennika. Przy filarze, na którym ambona. Na zasuwie św. Tekla.
Ołtarz św. Tekli. Przy przeciwnym filarze. Na zasuwie św. Kajetan.
Ołtarz Przemienienia Pańskiego. Przy tylnym filarze po prawej stronie Ewangelii.
Ołtarz św. Walentego przy przeciwnym filarze”.
Ołtarz Pana Jezusa Miłosiernego znajduje się w kaplicy zamykającej boczną prawą nawę. Do 1911 r. znajdował się tam magazyn na różne sprzęty kościelne. Na kaplicę przebudował go inż. St. Majerski do takiego stanu, w jakim znajduje się dzisiaj. Ołtarz ten z kamienną mensą konsekrował 4 lutego 1912 r. sufragan przemyski bp Karol Fischer.
Ołtarz Matki Bożej Bolesnej, zamykający boczną lewą nawę, zwany teraz ołtarzem św. Maksymiliana, chociaż Święty znajduje się tylko na zasuwie, ale jest stale wysunięty. Przy nim gromadzą się w 3. niedzielę miesiąca Rycerze Niepokalanej i tu są przyjmowani do Stowarzyszenia. W ołtarzu Pieta z XVIII w., a górą w zwieńczeniu nieduży obraz (65 x 45) obraz Matki Bożej Nieustającej Pomocy, okrągły z motywami roślinnymi.
Inne boczne ołtarze są paralelne. Można przypuszczać, że budowane były przez różne warsztaty snycerskie. I tak dwa ołtarze pod tęczą św. Franciszka, który jest stale wysunięty, a w ołtarzu zabytkowy obraz Matki Bożej Częstochowskiej o wymiarach 150 x 100 cm, z podpisem: „Pod Twoją obronę uciekamy się św. Boża Rodzicielko”. Na ołtarzu tabernakulum z obrazem Chrystusa w obłokach na drzwiczkach z obramieniem roślinnym. - Po przeciwnej stronie takiej samej wysokości (ok. 700 x 280 cm) jest ołtarz św. Antoniego (figura), a na zasuwie obraz św. Józefa.
Przy środkowych filarach, po lewej stronie ołtarz św. Wincentego Męczennika, patrona Przemyśla, a na zasuwie obraz św. Tekli (170 x 100 cm) z XVIII w. W zwieńczeniu nieduży obraz św. Teresy od Dzieciątka Jezus o wymiarach 65 x 45 cm. Po przeciwnej stronie ołtarz bł. Jakuba Strzemię (na zasuwie) (170 x 100 cm) z końca XIX w., który wraz ze św. Antonim są patronami naszej prowincji. Pod zasuwą jest obraz św. Kajetana z XVIII w. W zwieńczeniu owalny obraz (80x65) św. Ekspedyta w złoconej ramie z liście akantu.
Ostatnie dwa rokokowe ołtarze (najpiękniejsze) znajdują się przy filarach pod samym chórem (600 x 200 cm). W jednym z nich po lewej stronie znajduje się obraz Przemienienie Pańskie (140 x 95). Uniesiony Chrystus, a po Jego prawej stronie Mojżesz, po lewej Eliasz. U dołu Apostołowie: Piotr, Jakub i Jan. Po prawej stronie ołtarz św. Walentego z jego obrazem (145 x 95), przedstawia uzdrowienie chorego na padaczkę.
Te ołtarze na początku 2002 r. zostały ograbione przez złodziei. Z ołtarza św. Walentego skradziono dwa aniołki i dwa putta, a z ołtarza Przemienienia Pańskiego cztery putta. Dla zabezpieczenia przed złodziejami i pożarem założona została w kościele instalacja przeciwwłamaniowa i przeciwpożarowa, żeby te przepiękne ołtarze wraz ze swymi ozdobami zostały zachowane dla następnych pokoleń, przychodzących tu prosić swoich Patronów o łaski i wstawiennictwo przed Bogiem.