W 1550 r., na sejmie w Piotrkowie wznowiono statut z 538 r., na mocy którego tylko szlachcic mógł zostać opatem. Jednak z prawa wynikał obowiązek, ażeby świecki kandydat na opata przed przyjęciem godności wstąpił do nowicjatu.
Przepis ten dawał monarsze możliwość wynagradzania szczególnie zasłużonych dla kraju osób przez nadanie beneficjum, czyli dóbr klasztornych. Takim zasłużonym dygnitarzem, mianowanym przez króla Zygmunta III Wazę, był bp Otto Schenking (1601-21), który otrzymał w 1613 r. w komendę opactwo norbertańskie w Witowie. Już wcześniej Schenking otrzymał opactwo cysterskie w Sulejowie. Przyjaźń, która łączyła bp. Schenkinga z Królem, sprawiała, że Monarcha przy okazji pobytu w Piotrkowie często odwiedzał nie tylko Sulejów, ale i drugą rezydencję opacką w Witowie. Podobno atmosfera klasztoru norbertańskiego szczególnie odpowiadała władcy. Tu też znajdował on wielokrotnie miejsce do medytacji religijnych i rekolekcji wielkopostnych. Na dawnych stallach jedno z malowideł ukazuje króla Zygmunt III Wazę w otoczeniu dworu podczas uroczystej modlitwy we wnętrzu świątyni witowskiej. Po 1625 r., wygnany z Inflant Schenking, za główną swą rezydencję obrał opactwo sulejowskie, zaś w Witowie naznaczył własnych administratorów - najpierw Hieronima Załuskiego (+1606), po nim bp. Samarii, sufragana wendeńskiego Bartłomieja Butlera (1621), a po nim Hieronima Załuskiego. Potem znów nastały rządy Otto Schenkinga (1629-38). Następcą biskupa Ottona Schenkinga w Witowie został sekretarz królewski Samuel Płaza (1638 r.). Po nim urząd ten sprawował sufragan gnieźnieński Adrian Grodecki (+1658). Za jego administracji klasztor uzyskał w 1655 r. zapis prowizji 7/100 od kapitału 10000 złp, lokowany na dobrach Jakuba Albrechta Szczawińskiego w Szczawinie Podbornym i Lubieńku (w powiecie gostyńskim, województwa mazowieckiego).
W 1657 r. król szwedzki Karol Gustaw, po opanowaniu w kwietniu Piotrkowa, w obawie przed szerzącą się w mieście epidemią, przybył do Witowa. Władca przy okazji ograbił zakonny skarbiec. Wtedy z rąk najeźdźców zginął norbertanin br. Stanisław Horodyski. Prawdopodobnie najazd na opactwo nie pociągnął wówczas większych ofiar w ludziach, za to dokonał znacznych spustoszeń budynków klasztornych i kościoła. Prawdopodobnie wtedy również został spalony stojący w okolicy starożytny kościół św. Marcina.
Po śmierci Adriana Grodeckiego w 1658 r. opatem komendatoryjnym został, po wstąpieniu do nowicjatu, Felicjan Mietlicki. Jego bardzo krótkie rządy w Witowie przerwała śmierć 7 sierpnia 1659 r. Po nim na stanowisku opata odnotowano biskupa kamienieckiego Wespazjana Lanckorońskiego, który po energicznych rządach zmarł w Witowie dnia 29 sierpnia 1672 r.
Dopiero za zarządu opata Albrechta Jerzego Denhoffa (1677), kanonika krakowskiego, zapobiegliwy przeor Jakub Rychlewicz w roku 1677 wystawił na miejscu poprzedniego nowy, bardziej przestronny kościół i klasztor. Również kolejny przeor Herman Suchodębski odznaczał się godną podkreślenia dbałością o sprawy opactwa. O tym, że konwent w tym czasie mógł liczyć również na pomoc hojnych fundatorów, świadczą wzmianki archiwalne o kolejnych prywatnych nadaniach gospodarczych na rzecz norbertanów witowskich.
Kolejnym witowskim opatem komendatoryjnym został Jan Ossoliński hrabia na Tenczynie (1698 r.). Za jego administracji jako jedyną rzecz godną uwagi kroniki klasztorne odnotowały, iż 9 czerwca 1698 r. piorun spowodował zaprószenie ognia, który bez szkód został ugaszony.
W latach 1702-31 funkcje opata komendatoryjnego w Witowie pełnił kanonik gnieźnieński Franciszek Kraszewski. Za jego rządów opactwo norbertańskie w 1710 r. stało się miejscem obrad Trybunału Koronnego. Wydarzenie to upamiętnił druk S. Halickiego, wydany w tymże roku w Częstochowie, pt. Sprawiedliwość nieśmiertelnej sławy korrupcji i zarazie niepodległa, albo Kazanie przy inauguracyi głównego Trybunału Koronnego w kościele. WW OO: Premonstratensów podczas zarażonego powietrzem Piotrkowa w Witowie przywitana. Również za tegoż opata, jako fakt godny odnotowania, kroniki zakonne podają pod datą 26 sierpnia 1730 r., że „uderzył piorun w kościół witowski (...) przedarłszy sklepienie, ambonę wyzłoconą okopcił, obrusy u Najświętszej Panny zapalił, po tym udał się ku św. Norbertowi, stąd na kurytarz między księży na ten czas na stancjach zostających wypadł i przepadł, więcej szkody nie uczyniwszy”. Sprawami konwentu kierował w tym czasie (1710 r.) przeor klasztoru ks. Dębiński.
Ostatnim opatem komendatoryjnym mianowanym przez króla był kanonik gnieźnieński Józef Łaszcz. Mimo objęcia urzędu opata w Witowie i sprawowania go w latach 1732-38, jego kandydatura, przesłana do Rzymu dla zatwierdzenia, nie uzyskała nigdy formalnego akceptu. Było to spowodowane zaawansowaniem prac nad podpisanym w 1736 r. konkordatem, wyjmującym w myśl Artykułu IX klasztor witowski spod komendy. Akt ten, uzgodniony 10 lipca 1737 r. we Wschowie między królem Augustem III a Stolicą Apostolską, przywrócił norbertanom witowskim dawny zwyczaj obierania opatów spośród grona zakonników. Fakt ten zapoczątkował kolejny okres świetności klasztoru.
20 stycznia 1738 r. opatem wybranym został miejscowy zakonnik przeor Aleksander Pieniążek (1738-45). Dzięki jego staraniom doprowadzono do ostatecznej ugody z najbliższymi sąsiadami - cystersami sulejowskimi. Opat Pieniążek sprowadził m.in. ze Śląska budowniczych, szybko przystąpił do wznoszenia nowej świątyni i klasztoru.
W 1745 r. na urząd opata witowskiego powołano prepozytora krzyżanowickiego Antoniego Józefa Daniela Kraszewskiego (1745-58). Dzięki jego staraniom w 1748 r. ustanowiono przy kościele witowskim Bractwo Niepokalanego Poczęcia Najświętszej Maryi Panny. Opat ten zdobył wiele funduszów i z oddaniem kontynuował budowę nowej świątyni w stylu barokowym. Zapisał się on trwale również jako badacz dziejów zakonu i historyk, m.in. opactwa witowskiego. Efektem jego naukowych zainteresowań było wydanie drukiem w 1752 r. w Warszawie dwutomowego dzieła z suplementem pt.: Życie Świętych i w nadziei Świątobliwości zeszłych Sług Boskich Zakonu Premonstrateńskiego (...) Z pożytecznemi reflexyami dla wszelkiego Stanu złożone, krótkiemi przykładami Pisma Świętego i Kościelnych Doktorów zdaniem objaśnione. Jak pisze Głowacki: „Ten światły duchowny zgromadził i zapisał przed śmiercią klasztorowi witowskiemu ogromną bibliotekę...bogatą tak w teologicznym jak i w historycznym dziele. Jemu również przypisuje się autorstwo memoriału wydanego in folio (bez miejsca i roku druku), a zatytułowanego Prawa i wolności opactwa i konwentu witowskiego, naprzeciwko pretendowanym sepom i pobociznom do starostwa piotrkowskiego”.
Po śmierci Antoniego J. D. Kraszewskiego opatem został Kajetan Ożarowski (1758-60). Dalszemu wzrostowi zamożności klasztoru sprzyjały dokonywane nieprzerwanie prywatne zapisy i fundacje.
Od 1760 do 1766 r. opatem witowskim był Anzelm Baffelt, który kontynuował prace budowlane. Natomiast opatem, który ukończył zaczęte przez Aleksandra Pieniążka inwestycje budowlane w Witowie, był Eustachy Stanisław Suchecki (1767-1803). O jego znaczeniu i pozycji świadczy fakt, iż w latach 1771-90 podpisywał się on na dokumentach jako: prałat Królestwa Polskiego, opat witowski, opat - ojciec Bolesławca, Płocka i Krzyżanowic, Wizytator i Generalny Wikariusz w Wielko i Małopolsce oraz w Prusiech. Dokończył on prace przy zabudowaniach klasztornych. W tym okresie (ok. 1775 r.) w klasztorze witowskim zamieszkiwało na stałe 39 zakonników.
Nowo wzniesiony, stojący do dziś kościół konsekrowany został 1 sierpnia 1784 r. przez biskupa adrateńskiego Augustyna Koziorowskiego pw. św. Małgorzaty i św. Eustachego. Dziwne jednak bywają losy. Upadek opactwa rozpoczął się wraz z rozbiorem kraju. W 1797 r. dobra witowskie uległy sekularyzacji dokonanej przez rząd pruski, który posiadłości te wcielił do Ekonomii Rządowej Piotrków. Całość majątku klasztornego wypuszczona została wówczas tytułem dzierżawy w okresowe posiadanie i użytkowanie przez dawnych właścicieli.
Ostatnim opatem witowskim obrany został w 1803 r. Wojciech Kamiński (1803-19, zmarł w 1833). Za jego rządów część spraw gospodarczych klasztoru spoczywała na barkach przeora Hermana Vogela. Z chwilą utworzenia Księstwa Warszawskiego Ekonomia Rządowa Piotrków wraz z kluczem witowskim dostała się pod zarząd Izby Administracyjnej Dóbr Korony.
7 września 1810 r. odnowiony został kontrakt dzierżawny klucza witowskiego z opatem Wojciechem Kamińskim. Umowa ta została zawarta na okres 12 lat (z datą wsteczną od 1809 do 1821 r.). Po zlikwidowaniu autonomii Księstwa Warszawskiego, rząd rosyjski wszedł w prawa swych pruskich poprzedników, rozporządzając m.in. zagarniętymi majątkami kościelnymi. W trakcie trwania umowy dzierżawnej, 14 czerwca 1819 r. nastąpiła supresja Zgromadzenia Norbertanów w Witowie. Klasztor witowski w chwili likwidacji zamieszkiwało już tylko 9 zakonników oraz 14 osób do posługi klasztornej i kościelnej. (Dane o opatach: Kazimierz Głowacki, Kościół św. Małgorzaty i św. Augustyna oraz dawny klasztor norbertański w Witowie, Witów 2005).
Co sądzić o tym długim szeregu witowskich opatów? Ze szczupłych danych ujawniają się ich ekonomiczne i gospodarskie talenty. Przebija prawda o pełnej chwały historii, o pomyślności, ale także o najazdach, pożarach i ustawicznym budowaniu. Ale istnieje także inna, duchowa strona życia norbertańskiej wspólnoty, której nie odnajdziemy w kronikach. O niej więcej mówi piękno barokowej świątyni oraz wspaniałe dzieła sztuki, przepojone atmosferą modlitwy i kształtowanej przez zakonników przez wieki liturgii. Pozostają wzmianki w starych kronikach w dalekich krajach, gdzie do dzisiaj żyją norbertańscy mnisi i mniszki. Nam pozostaje jedynie ubogacić się przez poznanie ich, a także naszej historii.