Szczególnym momentem Mszy św. jest ta część modlitwy eucharystycznej, która bezpośrednio wiąże się z przypomnieniem i uobecnieniem gestu Jezusa z Wieczernika, który wziąwszy chleb i wino wypowiedział słowa: „To jest Ciało Moje..., to jest Krew Moja...”.
Tę część modlitwy eucharystycznej otwiera prośba zwana epiklezą. Jej nazwa pochodząca z języka greckiego (od słowa epikaleo), oznacza wezwanie skierowane do Boga Ojca, aby zesłał na dary chleba i wina moc Ducha Świętego, który je przemieni w Ciało i Krew Chrystusa. Po przeistoczeniu czyli konsekracji, zanosimy do Boga jeszcze jedną epiklezę - prośbę, aby Duch Święty uświęcił i w miłości zjednoczył Chrystusem oraz z innymi ludźmi tych, którzy będą przyjmować Ciało i Krew Zbawiciela.
Po epiklezie następuje w każdej modlitwie eucharystycznej opowiadanie o ustanowieniu i konsekracja. Początkowy fragment tego opowiadania jest inny w każdej modlitwie, natomiast same słowa Chrystusa Pana brzmią jednakowo we wszystkich dziesięciu modlitwach eucharystycznych, przy czym zapis tych słów opiera się na relacjach ewangelistów - Marka, Mateusza i Łukasza oraz św. Pawła (1 Kor 11, 23-25).
„Poprzez słowa i czynności Chrystusa dokonuje się Ofiara, jaką sam Chrystus ustanowił podczas Ostatniej Wieczerzy, kiedy swoje Ciało i Krew złożył w darze pod postaciami chleba i wina, dał je Apostołom do spożywania i picia oraz polecił im uwieczniać to samo misterium” (OWMR 79 d). Po przeistoczeniu i ukazaniu wiernym konsekrowanych postaci kapłan wypowiada słowa wprowadzające do aklamacji wiernych: Oto wielka tajemnica wiary, albo: Uwielbiajmy tajemnicę wiary, albo: Wielka jest tajemnica naszej wiary, albo wreszcie: Tajemnica wiary. Odpowiedź wiernych (różna w zależności od słów kapłana) jest wyznaniem wiary w misterium śmierci i zmartwychwstania Chrystusa oraz wyrazem oczekiwania na Jego ponowne przyjście.
W imieniu zgromadzonych wokół Ciała i Krwi Pana, kapłan wypowiada dalszą część modlitwy eucharystycznej. Jest to najpierw tzw. anamneza czyli upamiętnienie głównych wydarzeń z życia Chrystusa: Jego męki, śmierci i uwielbienia, a także złożenie Bogu Ojcu w darze Ciała i Krwi Jego Syna. Kościół, zwłaszcza tu i teraz zgromadzony w Duchu Świętym, składa Ojcu nieskalaną Ofiarę.
Po tym następują modlitwy wstawiennicze - w zjednoczeniu z całym Kościołem w niebie i na ziemi składamy Ofiarę za wszystkich żywych i zmarłych członków wspólnoty wiernych, wdzięczni za Odkupienie dokonane przez Chrystusa.
Modlitwę eucharystyczną kończy uroczysta doksologia (od greckich terminów: doksa- chwała i logos - słowo) - to fomuła wyrażająca chwałę, uwielbienie Boga Trójjedynego: Ojca, przez Chrystusa, w Duchu Świętym.
Aklamacja Amen- od hebrajskiego rdzenia aman - wyraża zgodę, potwierdzenie ze strony zgromadzenia modlitwy, jaką w jego imieniu kapłan zaniósł do Boga. Św. Augustyn uczył, że powiedzieć Amen to złożyć podpis pod jakimś dokumentem (czasem mówimy: podpisuję się pod tym obiema rękami...). Aby wierni mogli szczerze i prawdziwie wypowiedzieć swoje Amen na koniec modlitwy, muszą być spełnione dwa warunki.
Pierwszy warunek - ze strony kapłana przewodniczącego Mszy św. Powinien on tę modlitwę wypowiadać z głęboką wiarą w to, co modlitwa wyraża; ze świadomością, że stoi przed Bogiem, przed obliczem Jego majestatu. Konieczna jest poprawna dykcja, wolne, spokojne tempo wypowiadania modlitwy, bez pośpiechu czy zniekształcania słów (np. z powodu wady wymowy, albo braku zębów - trzeba je w miarę możności naprawić!), nie powinno być w słowach modlitwy kapłana ckliwej, czułostkowej dewocji, ani patosu, który by wiernych raził i utrudniał im złączenie się ze słowami kapłana.
Drugi warunek muszą spełnić wszyscy zgromadzeni: w modlitwę kapłana trzeba się wsłuchiwać i podejmować wynikający z wiary wysiłek, aby tę modlitwę uczynić swoją, aby ona miała oddźwięk w moim sercu; aby trwać w zjednoczeniu w Bogiem, przez Jezusa Chrystusa. Bez tego wysiłku wiary i skupienia słowa modlitwy przebrzmią bez skutku w sercach. Niech więc i kapłanowi i wiernym przyświeca podczas każdej modlitwy starochrześcijańska zasada sformułowana przez św. Benedykta w jego Regule zakonnej (rozdz. 19): „Tak stójmy przed Bogiem [podczas modlitwy] aby nasza myśl zgadzała się ze słowami, jakie wypowiadają usta”.