Na Jasnej Górze szczególna modlitwa w intencji zmarłych trwa dziś w podziemiach Kaplicy Matki Bożej, gdzie w niszach wykutych w skale pochowani są ojcowie i bracia paulini. Zabytkowe krypty otwierane są tylko raz w roku, właśnie w listopadzie.

Krypta należy do jednych z najstarszych miejsc w jasnogórskim sanktuarium. Jest na pewno starsza niż sama Kaplica Matki Bożej, której znany nam dzisiaj kształt nadano w XVII wieku. Powstała być może nawet już w XV wieku. W skalnych niszach chowano tam paulinów żyjących na Jasnej Górze.

Przez środek krypty przebiega ściana i tutaj znajduje się 36 wnęk. Paulini, żyjący według surowej reguły św. Augustyna, jeszcze do ubiegłego wieku zachowywali specjalny rodzaj pochówku, pozbawiony nagrobków ziemnych. Zmarłego wystawiano w skromnej, drewnianej trumnie w kościele, żeby można było pożegnać się z nim i odprawić nabożeństwo żałobne, po czym znoszono ciało do podziemi, gdzie układano je na desce z kamieniem pod głową i zamurowywano w niszach. Po około stu latach wnęki opróżniano, a prochy wsypywano do specjalnych urn.

W najbardziej zaszczytnym miejscu, pod ołtarzem Matki Bożej, spoczęły zwłoki o. Augustyna Kordeckiego, bohaterskiego obrońcy klasztoru. W drugiej połowie XX w. jego prochy przeniesione zostały do szklanej niszy w lewej ścianie Kaplicy. Przez wieki kryptę przebudowywano, tak jak przebudowywano cały klasztor. W jasnogórskich kronikach zapisano informację o trwającym siedem godzin nabożeństwie żałobnym odprawionym 13 października 1836 roku, podczas którego do wspólnego grobu złożono prochy pochowanych tam wcześniej paulinów. Powstały nowe nisze, w których spoczęli m.in. o. Pius Przeździecki, generał Zakonu Paulinów w okresie II wojny światowej oraz o. Piotr Markiewicz, przeor Jasnej Góry w czasie I wojny światowej i późniejszy wieloletni generał Zakonu. Od drugiej połowy ubiegłego wieku mnichów z Jasnej Góry nie chowa się już w krypcie. Grzebani są na częstochowskim cmentarzu św. Rocha.

2 listopada, w Dzień Zaduszny, w krypcie paulini odprawiają Msze św. w intencji zmarłych współbraci. Ołtarz ustawiony jest w miejscu, gdzie niegdyś składano prochy mnichów. Zakonnicy podkreślają, że modlitwy za tych, którzy odeszli z tej ziemi, są spłacaniem długu wdzięczności wobec minionych pokoleń. Jasnogórska krypta cieszy się dużym zainteresowaniem pielgrzymów. Jak szacują paulini, co roku do podziemi schodzi kilkanaście tysięcy osób. Jasna Góra od początku istnienia pełniła także funkcję nekropolii. Istnieje co najmniej osiem wejść do jasnogórskich krypt: cztery w Kaplicy Matki Bożej i cztery w bazylice, ale z pewnością nie są to wszystkie miejsca pochówków.

Do bazyliki jasnogórskiej przylegają dwie prywatne kaplice grobowe: Denhoffów i Jabłonowskich. Kaplica Aniołów Stróżów została przebudowana w latach 1751-54 r. na mauzoleum grobowe Stanisława Jabłonowskiego, wojewody rawskiego. Natomiast Kaplica św. Pawła I Pustelnika to mauzoleum grobowe rodziny Denhoffów. W krypcie pod kaplicą znajduje się około 20 trumien z wieku XVII i XVIII z prochami członków rodziny Denhoffów. Tam także spoczywają też prochy kilku mnichów paulińskich. W ostatnich miesiącach zakończyła się renowacja obu kaplic w ramach Regionalnego Programu Operacyjnego Województwa Śląskiego. W Sanktuarium szczególna modlitwa za zmarłych potrwa przez cały listopad. Msza św. z wypominkami odprawiana jest w bazylice o godz. 7.00. Tradycyjnie, 2 listopada, w Dzień Zaduszny w krypcie paulini odprawiać będą Msze św. w intencji zmarłych współbraci. Ołtarz ustawiony jest w miejscu, gdzie niegdyś składano prochy mnichów. Zgodnie z paulińską tradycją przez trzy kolejne dni, począwszy od 3 listopada, w Kaplicy Matki Bożej, odprawiane będą Msze św. wspólnotowe za zmarłych: ojców i braci; rodziców i krewnych, a 5 listopada - za pielgrzymów, przyjaciół i dobrodziejów Jasnej Góry.

W klasztorze jest jeszcze jedna krypta, która mieści się pod jasnogórską bazyliką, ale nie jest udostępniana pielgrzymom. Pochowane są tam osoby świeckie - przedstawiciele zasłużonych dla kraju i sanktuarium rodów.