W 1992 r. bullą "Totus Tuus Poloniae Populus" Jego Świątobliwość Ojciec Święty Jan Paweł II powołał nową diecezję toruńską, w skład której weszły ziemie: chełmińska, lubawska i michałowska oraz miasto Toruń jako stolica diecezji. Pierwszym ordynariuszem toruńskim został bp Andrzej Suski, dotychczasowy biskup pomocniczy diecezji płockiej. Ingres Biskupa Toruńskiego odbył się 31 maja 1992 r. Bazylika Świętych Janów została podniesiona do rangi kościoła katedralnego.